死者が埋めた真相はついに明らかになりましたが、まもなく演奏されるのは、光の中に隠れた死者と、闇を信じる生き物との交響曲です。
不死者埋下的真相終于揭曉，然而即將奏響的，卻是由藏匿于光明中的死者與信仰黑暗的活者奏響的交響曲。
安全退出案件的柯南，卻因為一次意外，被迫偽裝成偵探加入案件，但讓他完全沒有想到的是，血色的真相下，只是冰山一角。
唯一看透了真相的，是一個從未來回到過去，但外表看似小孩，智慧卻過于常人的，名偵探柯南！
......
無奈之下，工藤新一只能搶車強行沖卡，這一步雖然成功，卻讓工藤新一暴露位置，在警視廳某位女車神和交警部的逼迫下，工藤新一被迫走江東區、晴海道，最后落入海里昏迷過去。
好在工藤新一在上車前，就做好了這一步準備，將身上進水會壞的車西，手表手機手槍等，卻放入密封性良好的防水袋里。
在工藤新一開車進入海后，警視廳立刻叫人打撈，然而搜索了很久，也沒有發現黑衣人（工藤新一）和車。
在黃金分鐘過去后，考慮到兩位主犯、一位協犯已經落網，警視廳高層下達了放棄打撈的指令，并劃上黑色的句號。
然而在兩天后，進水汽車在橫須賀的發現，讓這起黑衣人事件，更加撲朔迷離了起來。
......
兩天后的另一邊。
房總半島，立川町。
與在東京另一邊因為動漫而火的立川市不同，來自房總半島千葉縣的立川町，則因為傳統信仰，正在逐漸衰弱，盡管這幾年大火。
（甚至在2020年，千葉縣的一宮海灘將在2020年東京奧運會上舉辦首個奧運會沖浪比賽場地。）
房總半島位于日本本州的半島，深入太平洋130公里，西面環抱東京灣，面積達5034平方公里，其范圍相當于千葉縣行政區。
地勢則從東南向西北傾斜，多丘陵，東北部有沿海平原。
但這都與今天的主角沒有關系，此時今天的主角，才剛醒來。
工藤新一雖然己經醒來，但望著陌生的天花板和耳邊傳來的海浪聲的他，并沒有馬上醒來，這是因為他怕自己醒來的動靜過大，驚動了別人，尤其是，這人如果是敵人的話。
但很快，工藤新一就發現自己白費功勞了，因為此時就在他旁邊，兩名經典漁民打扮的老爺爺和老奶奶正看著他。
工藤新一無奈，他只好起來，掃了一眼周圍，觀察了一秒，便有心數了。
破舊的木板，打著補丁的破浪被子，自制的陶杯，十幾年前的麻衣，嗯，他己經看.......看個鬼啊，就憑這點信息，怎么可能推理出這里，不過...
想看，工藤新一將目光轉向了老爺爺和老奶奶，正當工藤新一準備說什么時，從老爺爺和老奶奶口中流出的話，卻讓工藤新一不由閉上嘴巴，陷入了沉默之中。
“你是誰？”
......
......兩年前......
晚震消逝之后，小黑開始了作業。這事不能讓任何人看到，絕對不能。
小黑好久都沒有干這種體力活兒了，盡管小黑平日里很少干這種體力活。
尤其是最近，他更是隨時留意著不讓自己受累。
或許正是因為這個想法，還沒干幾下，小黑便已經累得氣喘吁吁，胸口隱隱作痛。
小黑蹲下身去，告訴自己不必著急。
時間有的是，而且也沒有人會跑到這種地方來。
最關鍵的，還是給把這活兒干好。
歇了口氣之后，小黑再次開始干起活兒來。
這樣的工作對他而言早就已經習以為常。雖然自己有多少年沒摸過鏟子了?