在議會之下設立了軍部，星之沙，和真理之殿三個部門。
軍部統管作戰，由三位巫師主宰負責，作戰時可以征調一切有生力量進行戰爭，下至巫民，上至主宰，只要是聯盟需要，任何聯盟公民都有義務服從征調，為聯盟作戰。當然主宰畢竟是聯盟的支柱力量，不可輕動，一般很少會征調主宰，而且軍部對主宰的征調都是以任命將領，統領負責整個范圍戰局的形式宣布。
星之沙則是一個任務保密的組織，成立一個紀元以來幾乎鮮有事跡流傳于外。傳言聯盟議會規定只有6級以上，進入聯盟議會之后才有知曉其任務職責的資格。而它的成員則是分布甚廣，遍布巫師聯盟各處，當然它的組織成員實力基本都是在5級以上。
最后的真理之殿，故名思議就是巫師追尋真理的殿堂，巫師世界智慧之光的結晶，所有的巫師知識最終都將匯聚在此，它引領著巫師世界的智慧發展和走向，是文明的象征。聯盟的所有主宰都會輪換在真理之殿駐守，里面會保持十三位巫師主宰常駐。研究真理奧義，通常駐守的主宰又稱十三真理鏡像。真理之殿坐落在巫師聯盟的中心時空，無有專門的引導，就算是主宰也無法進入其中。
像之前骸恐在要塞兌換的那些知識都是由真理之殿整理總結，編著而成，用聯盟積分兌換而出的。
在軍部對外作戰實行協管制。聯盟軍部負責指揮掌控作戰，聯盟議會負責監督，審議決案。
聯盟軍部之中，三位軍部的負責主宰分別是：“戰爭號角‘’圣.班塔8級巔峰主宰，“烈陽之環”圣.青罕8級中期主宰，“智慧之眼”圣.落藍8級巔峰主宰。
在這三位主宰的強力統領之下，有眾多7級，6級，5級圣巫師組成的作戰管理集團，負責策劃，制定，頒布，指揮，實施各種作戰計劃。更不用說4級以下的億兆巫師參與戰爭了。
在軍部總指揮部六位六級圣痕巫師，三位七級圣痕巫師，平時就長期值守，而戰爭時刻8級的主宰們也會出現。
像世界群落戰爭這樣的大型戰爭期間，這值守力量更是龐大而恐怖，聯盟之中，光此時坐鎮軍部等候調遣的8級主宰就有四位，當然這四位是其他世界出身的主宰，并非巫師世界聯盟本身的巫師主宰。
此時一股強大的威壓降落到了軍部聯盟的上空，一道宏大的主宰意志降臨了，負責軍部的“智慧之眼”主宰和值守的四位主宰連忙分出意志迎接，幾道意志一番交流。片刻之后，降臨的主宰意志消散，軍部的主宰們達成了統一意見，一道命令產生了。
“命令前往C32的菲咔運輸小隊，原運輸任務不變，繞路前行，繼續前往指定地點，執行任務。派出特戰小組圣六環小組前去處理卡洛斯之眼帶來的虛空灣流異狀。”
片刻之后，這份緊急命令傳到了菲咔小隊手中。看著這份命令，骸恐的心中之前的猜想又肯定了幾分。