孫承宗剛入遼東時，小皇帝為了支持這位老師，自內庫出資八十萬錢賞賜軍卒，助老師一臂之力，以此收獲軍心。
之后，孫承宗以兵部職方司主事鹿繼善、王則古為贊畫，督理軍需物資;以兵部武選司主事江應詔為贊畫，督理遼東將領考功升降、各衛所軍制;以剛入兵部職方司主事袁崇煥為贊畫，督理營造營房、修筑寧遠、錦州城池事宜;以兵部庫部司主事杜應芳為贊畫，督理修造兵甲器杖;以山東御史徐光啟、兵部職方司孫元化為贊畫，督造槍炮事宜;以兵部駕部司主事宋獻、程侖為贊畫，與廣寧衛之側朵顏衛(哈刺慎)市易購置戰馬;兵部吏員魯之甲為置田使、萬有孚伐木使、楊應乾募兵使。
王化貞上奏彈劾廣寧衛總兵李光榮，疏于兵事、貪墨軍卒糧餉，欲罷其職不用;魏忠賢卻以其收攏軍卒、救助百姓有功，并于年前擊退建州賊，朝廷不應苛責有功之臣。
隨后，孫承宗亦是上奏彈劾，廣寧衛總兵李光榮雖保住了總兵之職，卻只守廣寧一城，實則僅算是廣寧城守備將軍。
孫承宗上奏朝廷，置廣寧右衛、廣寧左衛、廣寧后屯衛、錦州、廣寧中左所、廣寧右屯衛、松山堡、寧遠、寧遠中后所、廣寧中后所、廣寧前屯衛、廣寧中前所等十二個守備將軍。
以援遼榆林衛副將、沈陽守城總兵賀世賢為廣寧右衛守備將軍，轄三岔河之南西寧堡、吳家墳、沙嶺驛、付家莊臺、平洋橋堡、西平堡、東蓮子湖、振武堡、四興堡、劉家屯、盤山驛、龍灣、鎮寧堡、中安堡、大小黑山堡、鎮遠堡等十七堡，設衙廣寧衛城，兵五千。
以援遼浙江總兵陳策為廣寧左衛守備將軍，轄鎮安堡、白土廠關、鎮靖堡、魏家嶺關、鎮邊堡、正安堡、三塔谷、雙山臺、花兒營、瓦子谷、牽馬嶺驛、閭陽驛等十二堡，設衙廣寧衛城，兵五千以防。
以援遼榆林參將、沈陽守城副總兵尤世功為廣寧右屯衛守備將軍，轄十三山驛、大凌河堡、東海堡三保，駐兵廣寧右屯衛城，兵兩千。
以遼東武靖營總兵官朱萬良為廣寧后屯衛守備將軍，領大清堡、大靖堡、太平堡、狗河堡、萬佛堂、太康堡等六堡，駐兵義州衛城，兵千五。
孫承宗親領錦州兵三萬，以援遼四川都司總兵童仲揆、援遼陜甘參將羅一貫副之，另設薩爾滸戰薨將趙夢麟子趙率教為參將，領大定堡、團山堡、開州屯三保，兵一千;河北將馬世龍為參將，領大茂堡、流水堡、大勝堡三保，兵一千;參將滿桂守小凌河驛，兵一千。
河西蒙將祁秉忠守松山堡，遼東參將黑云鶴守寧遠中左所，遼東副將董仲貴守寧遠衛，援遼浙軍參將張大斗守寧遠中右所，援遼川軍參將張名世守廣寧中后所，援遼浙軍副將戚金守廣寧前屯衛，遼東參將孫得功守廣寧中前所。
廣寧衛城本身就是廣寧中、左、右三個千戶所官署之地，擁軍也只有三千余眾，其下另有三十一個堡，所有兵力加在一起也不過五千卒，自沈遼撤回的數十萬軍民，經過廣寧衛時，挑挑撿撿又選了三萬人，如此一來，東寧衛總兵直轄即有三四萬兵馬，而且還全是遼東本地軍卒，反而成了王化貞、孫承宗最大的競爭對手，結果卻也是最慘的，不僅差一點沒保住廣寧衛總兵一職，兵卒更是直接縮水成了個千戶領兵之數，余者軍卒分與廣寧右衛賀世賢、左衛陳策、錦州孫承宗、山海關王化貞……
孫承宗雖然是東林黨，可他的奏折卻也讓人無可挑剔，十二個守備總兵官大多都是以援遼陜甘、山西、川浙軍將為主，并無刻意偏袒，魏忠賢就是想反對也是無可奈何。