率部奔赴龍都的過程中，也是代善梳理麾下兵馬的過程，作為大金真正的核心，八旗永遠是繞不過去的環節。
伴隨著努爾哈赤的身死，兩黃旗從這一刻算起已經是無主之旗，雖然說在這過程中有悍將不服，但是代善他也不是善茬，他與懂得隱忍的黃臺吉有著天地之別，對待那些不服的將領，使用的手段也是最為暴虐的！
說到底老汗王已經死了，現在不管你們心中是怎么想的，都必須無條件服從本汗王的汗令！
于是乎在整治的過程中，其順利執掌了兩黃旗，并且按照索尼的諫言，明確汗王統轄的兵馬尊崇，于是乎上三旗就以這樣的方式出現了。
不過和歷史上不同的是，正白旗此番并未當選，正黃旗、鑲黃旗、正紅旗統屬上三旗，等級相同。
同時為了籠絡大金內部人心，代善便封下了十和碩貝勒，十二固山貝子。
和碩貝勒依次為：莽古爾泰、岳托、濟爾哈朗、阿拜、豪格、阿濟格、湯古代、塔拜、阿巴泰、巴布泰。
固山貝子依次為：德格類、巴步海、碩托、賴慕布、拜音圖、圖倫、寨桑武、費揚武、達爾察、務達海、國歡、尼堪。
因為莽古爾泰已經率領正藍旗留下了，為了明確八旗之規模，在此之外，有成立一部正藍旗。
為真正掌握大金局勢，代善也調動了一系列任命，真正敲定了諸旗名單。
代善掌兩黃旗、正紅旗，岳托為鑲紅旗旗主，濟爾哈朗為正藍旗旗主，阿拜為鑲藍旗旗主，豪格為正白旗旗主，阿濟格為鑲白旗旗主。
湯古代為草原正黃旗，塔拜為草原鑲黃旗，阿巴泰為草原正紅旗，巴布泰為草原鑲紅旗，拜音圖為草原正藍旗，圖倫為草原鑲藍旗，寨桑武為草原正白旗，費揚武為草原鑲白旗。
德格類為漢軍正黃旗，巴步海漢軍鑲黃旗，碩托為漢軍正紅旗，賴慕布為漢軍鑲紅旗，達爾察為漢軍正藍旗，務達海為漢軍鑲藍旗，國歡為漢軍正白旗，尼堪為漢軍鑲白旗。
明確這樣的名單，一方面提升了一些旁系愛新覺羅子弟的地位，諸如拜音圖、圖倫、寨桑武、費揚武他們的地位，這樣會讓他們絕對忠誠于自己。
同時也樹立了矛盾點，諸如年輕的阿濟格，豪格依舊為八旗旗主，甚至于還被封為了和碩貝勒，這讓那些年齡大的湯古代、塔拜、阿巴泰他們心里很不爽啊。
因為他們從前沒有得到過這些，這在代善當上汗王以后，得到了應有的尊崇，這也就使得他們心中所看的就是眼前的這些，內部競爭、矛盾還是存在很多的，代善的這一手平衡之道玩的那叫一個好。