在得知大蛇丸叛曉之后，周尊表示老子也不干了，任務太麻煩，不想出門，我只想靜靜做我的研究型宅男，所以周尊表示自己還是做回反骨仔算了。反正曉組織反骨仔也算是傳統了，前有宇智波鼬，后有蝎放水送人頭，后期更是阿飛和黑白絕這兩個大反骨仔，最讓人無語的是是曉組織名義上的頭領長門竟然在鳴人的嘴炮下，自己背叛組織，復活敵人。
你以為你是黑衣組織酒廠么？TM連BOSS也當反骨仔，所以，對于曉組織，周尊根本就沒把它當成一個正經的恐怖組織看，更多是覺得是一群中二病搞出來的搞笑組織。
當時鬼鮫和那名宇智波一族的忍者，直接就想解決周尊，可惜這里可不是曉組織，而周尊也不是獨行俠，根本沒有出手，只是讓輝夜君麻呂和漩渦香磷等人出手，直接擋住了鬼鮫和那名宇智波忍者。鬼鮫的鮫肌完全被輝夜君麻呂的劍術和魔種力量克制，而漩渦香磷在受到周尊的實驗進行血脈開發之后，血脈返祖，體內的查克拉不僅多出了強大的生命力，而且對封印術的增福更大了。金剛封鎖產生的查克拉鎖鏈不僅僅尾獸，其他忍者的查克拉也能被封印上。
光是這兩人，就讓鬼鮫和那宇智波一族的忍者頭疼萬分，被克制的非常厲害，使得他們兩個影級的忍者，竟然被兩個上忍給壓制的沒什么脾氣，不僅如此，周尊實驗室本身就在鐵之國的京都，武士和陰陽師也紛紛趕來。
最后那名宇智波忍者竟然展現了萬花筒寫輪眼，開啟了須佐能乎，借助須佐構造出查克拉的翅膀，靠著飛行能力才及時逃走。但這也讓周尊發現，那個宇智波忍者并非是宇智波鼬，因為對方的須佐竟然是綠色的，倒是讓周尊想到了一個人，宇智波止水
連忙讓人尋找忍界發生的各種大事，這才發現木葉中出了一個叛徒，正是宇智波止水，在宇智波一族大肆殺戮，將木葉第一豪門的高層和精銳戰力幾乎屠殺了大半，剩下的只有一些老幼病殘和沒能開眼的忍者，真正開眼的宇智波忍者，只留下極為少數的部分弱小忍者還存在。
整個木葉最強忍族，從以前足以與木葉分庭抗禮的族群，硬生生變成了要靠木葉保護的弱小族群。甚至連一般的忍族也不如的地步。而能以一己之力擊潰一個忍族，并且逃過木葉追殺的宇智波止水名號可以說瞬間響徹了整個忍界。
而宇智波一族族長雖然逃脫了一劫，不過也重傷不起，不僅雙目被挖，而且被破壞了全身的經脈神經，能活下來就不錯了，以后根本無法做忍者了。
這個消息，倒是讓周尊驚訝了，嘗試聯絡了在宇智波鼬和木葉的“偽神格”分體，知曉了這些原來是宇智波鼬的策略，宇智波鼬直接屠殺了近乎大半的宇智波一族，將其中的鷹派和部分偏激的忍者全部殺了干凈，嫁禍給了宇智波止水，逼迫宇智波止水按照他的計劃叛逃木葉，加入曉組織臥底。
知曉原因之后，周尊不得不想自己是不是給宇智波鼬的私貨太多了，搞得現在怎么這么腹黑，連自己亦師亦友的同族也坑的如此不留情。
不過宇智波鼬的計劃，的確取得了巨大的成功，宇智波一族并非全部都是戰爭狂或者權利瘋子，大部分底層的普通族人，甚至大部分沒開眼的族人，其實還是非常滿意這樣的生活。也只有部分在戰場上立功卻因為原因沒得到待遇，或是在戰場上親友死亡走向偏激，亦或是最后部分受到家族教育的精銳，才會想著沒事和木葉對著干。
這部分人死的差不多，剩下的人根本不想要和木葉搞什么斗爭，于是宇智波與木葉的矛盾很多都偃旗息鼓。而木葉也樂見于此，宇智波損失大半的鷹派和精銳，短期內的確削弱了木葉的兵力，可是宇智波一族到底還是沒有滅族，只要一代人培養起來，沒了激進派，宇智波一族將會徹底融入木葉，木葉可謂得大于失。