長江北岸，自從的詔令傳來，是大軍云動，自揚子城至瓜洲渡三十余里間，漢軍營壁綿延，旌旗蔽野，軍威之甚，直蓋云霄，鼓角之聲，引得江南軍民，人人色變。
而李谷，在接詔的第一時間，就把大元帥行轅遷到瓜洲，直面京口，就近壓迫南岸的潤州，做出一副氣勢洶洶，正面突破的假象。
同時，兩軍之間的交戰，已經展開，由一場水戰作為戰役的開端，揚州水師VS潤州水師，漢軍大小二百五十艘戰船，一萬三千水卒，南軍無論戰船還是軍卒都要多上不少，有近兩萬的軍力，并且，由林仁肇親自率軍出擊。
按照表面的實力對比，再加上南人善舟的天賦，又有林仁肇這樣的良將指揮，南軍優勢可謂大矣。然而結果，往往出人意料，南軍完敗。
雙方在長江之上，大戰了整整一天，江面硝煙彌漫，檣櫓灰飛煙滅，作為主帥的李谷，也帶著一部分軍隊在江岸觀戰，以弓弩策應。
南軍之敗，主要在兩點。
其一，其軍力雖多，卻有兩股力量組成，來自金陵的近一萬水師，訓練且不精銳，號令更不齊整，作戰意志更顯薄弱，不到半日，便擅自撤出戰斗，逃往金陵，不只重創了南軍士氣，也使得林仁肇徹底暴露在危險之中。
由林仁肇整編訓練的潤州水軍，還是有不俗戰力的，然而還是那個詞，獨木難支。漢軍則不然，所用兵卒，基本都換成了江淮籍的士卒，很多甚至就是由早年的唐軍轉化而來，并且也是久經訓練，裝備精良，由張彥卿這個水戰良將指揮，如臂驅使。因此，雖然兵力少些，但在其他人員因素上都不遜色，并且士氣高昂，漢軍也就有了容錯的基礎。
其二，則在于漢軍水戰技術的改良，尤其是水戰武器的革新。像樓船戰艦，已完全拋棄了原本的拍竿等近戰肉搏裝置，而改由火箭、火炮、霹靂炮等遠程方式為主要對敵打擊力量，輔以接舷作戰。
這些武器，基本都是以火藥作為能量供應的利器。這次作戰，也是對大漢許多武器的一場檢驗，雖然人才是決定戰爭走向的決定性因素，但能夠使用更精良的武器，沒有人會拒絕。
火藥的運用，南方也不是毫無見識，然而，這既能燃燒，還能有強大爆炸性能的武器，南軍完全是應對不及。
當然，南軍也不是沒有反擊力量，像火油彈，他們也在研究使用，并且在此次水戰之中，展現出來，同樣給漢軍造成了不小的損失。
在危急之時，林仁肇可謂強悍勇猛了，臨危不懼，意志堅決，指揮若素，不惜傷亡，領著南軍與漢軍近戰對攻。但是，螳臂終究難以挽敗局，從金陵水師怯戰撤退開始，就注定了他的努力白費，也為與漢軍對決的潤州水師增添幾分悲壯。
最終，林仁肇負傷，在親兵的保護下，敗歸京口水寨，隨著逃出的，只有不足四十艘戰船，三千來人。剩下的大多殞于江上，或被殺死、燒死、淹死，只有不足千人，當了俘虜被救起。
若不是因為漢軍同樣久戰兵疲，主動放棄追擊，南軍的損失還要更大。即便如此，一場水戰，為戰事取得了開門紅，贏得一個好兆頭。
哪怕把淮南戰爭期間的幾次水戰算上，京口水戰，也可以說是，南北之間水軍真正展開的一次大規模較量，正面較量。結果證明，如今的大漢，已不只強在步騎，水戰同樣天下無雙，犀利無比，同樣可以乘風破浪，馳騁江海。而揚州水軍，還只是大漢諸多水軍中的一支，主力還在萊、密水軍，那是海軍。
經過戰后統計，漢軍的傷亡，在兩千一百六十九人，南軍在林仁肇統率下，發起的搏命抵抗，還是給漢軍造成了不小的損失。然而，相較于斬獲，這些損失也是可以接受的。
另外，雙方共損毀了近三百艘戰船，漢軍的繳獲之中，只有三十來艘是能正常使用的。檣櫓灰飛煙滅，并非只是一句形容。