由于ZTI的加入，傭兵們與生化幽靈的對決中慢慢占據了上風，并且壓制住生化幽靈。
生化幽靈也在一步步的進化，終結者再一次發生了巨大的變革，在幽靈獵手的壓力下，失去了原有的核能護盾，取而代之的是利用核能與生化病毒凝聚一枚能量彈，發射到人群之中。
全新的終結者渾身纏繞著核能與生化病毒融合后的產物，就像深淵之火，傭兵們便稱呼它為——深淵終結者！
而ZTI也成功破解了部分生化病毒的構造，并加以應對，以空投的方式投送給在前線奮戰的幽靈獵手。
而這些幽靈獵手得到了新武器之后，有了一擊秒殺普通生化幽靈的能力，并且二次納米強化之后，免疫了深淵終結者的感染，雙方的大戰再次拉開了序幕。
而生化戰爭大勝之后，聯合政府以ZTI擁有大規模殺傷性武器為借口，對ZTI展開了圍剿，先是剿滅了一個潛伏者的營地，后來又毀滅了絕命之谷與瓦爾基里的生化研究基地。
ZTI向潛伏者求助卻被潛伏者拋棄，無奈之下，只能把所有沒有完成的納米尖兵產物扔在了一個遺跡內。
只帶著納米尖兵技術和科研人員離開。
但是聯合政府依舊不依不饒，派出精英小隊GRX圍剿ZTI的殘存勢力。
數年之后，ZTI正式更名為Blitz！并且將自己研發的新型生化武器扔到了一個美麗的國際性水上都市——水之城。
并且嫁禍給潛伏者。
另外一邊，被遺棄在遺跡中的未完成的納米尖兵，發生了二次變異，進化出了全新的裝甲終結者，能夠打爛城墻，逃離遺跡，并且入侵到了一個保衛者的要塞之中。
一個納米尖兵僅存的記憶是自己的家人被生化幽靈殘忍的殺害，為了復仇，加入ZTI的強化人計劃，但是成為了一個失敗品被拋棄在遺跡中。
絕望之中，這個人遇見了一名少女，這名少女就是被ZTI作為納米尖兵技術批量生產的作為“劍靈”的神秘少女之一。
ZTI通過納米技術將劍靈封印在機械劍“GhostBde”中。
而這個少年通過這個少女獲得了納米尖兵的力量，參與到了第二次生化戰爭之中，被傭兵們稱為——惡魔劍客！
但是好景不長，在一次又一次的與生化幽靈廝殺中，他的仇恨成為了吞噬他的病毒。
在殺死無數的生化幽靈和其他無辜的生命之后，殺死無數生化幽靈導致與他息息相關的劍被生化病毒侵蝕，最終成為折壽的魔劍。
在命運的安排中，惡魔劍客最終還是死在了自己的家鄉。
數年以后，GRX精英小隊在結束諸神競技場的戰斗之后，順著聯合政府和Blitz的情報追查，為了調查反叛的ZTI尋找惡魔劍客。
最終在神秘之島的結界中發現了惡魔劍客的尸體，沒曾想驚動了這個地方的生化幽靈，與生化幽靈戰斗的過程中，又驚醒了沉睡在魔劍GhostBde中的神秘少女。
被生化幽靈侵蝕的神秘少女把自己的意志注入了惡魔劍客的身體，并且發生變異，成為具有寄生孢子的惡魔終結者！
所以，ZTI為人類抗擊生化幽靈做出了卓越的貢獻，最終卻成為聯合政府絞殺的目標，惡魔劍客斬殺無數生化幽靈，卻被病毒感染，成為新的惡魔終結者。
這些事情，不由得讓靈狐者開始懷疑起來，她曾經所效忠的對象，到底是什么人？