碇真嗣的母親名為綾波唯（在舊版里名為碇唯，碇源渡原名六分儀源渡，是入贅之后改姓的。）在他還很小的時候就死了。
以碇真嗣當時的年紀大概已經忘記了，實際上他見過母親出事的場景，最初的EVA初號機控制系統計劃采用的是直接插入S2機關的方式（在新劇場版中，初號機一開始就擁有S2機關，只是NERV輕易無法啟動這個核心罷了），這一系統的發明者正是綾波唯，同時也自愿成為第一個實驗對象。
結果實驗當然是失敗了，綾波唯直接消失在初號機體內，最終反而成為了初號機的控制系統，也是使得初號機幾乎成為碇真嗣專屬機體的根本原因。
這一點在新舊劇場版中差不多，雖然方式不同，不過碇真嗣的母親都是在初號機的第一次啟動中被吸收了。
也是從那時候開始，或許是刻意，或許是真的太忙，碇源渡再也沒有真正出現在碇真嗣面前，于是童年時代的碇真嗣就在事實上落入了沒有父母照看的境地。
當然基本的安全和教育都是沒問題的，畢竟在這個少年的身后永遠跟著數量不明的特務人員，保證他順利成長只是最基本的任務。
碇真嗣清楚自己是被特殊照顧的情況，畢竟那么小一個孩子，獨自生活的過程中難免也會遇到一些情況需要幫助。
也正是這種絕不同于其他同齡人的特殊待遇，再加上沒有獲得過家庭的溫暖，最終就導致了碇真嗣如今性格的形成。
聽話，懦弱內向，又容易在某些時候走極端。
而這一切盡在碇源渡的掌控。
來到第三新東京市，少年在面對許多事情時候做出的反應完全在碇源渡的預期之內。
這是14年前就寫好的劇本，孩子們的命運早就被定好了。
于是按照碇源渡的安排，碇真嗣在開始慢慢融入校園生活的同時，與綾波麗的接觸也開始增多。
綾波麗，14歲。
根據馬魯杜克的報告書選出來的第一適格者。
也就是EVANGELION試作零號機的專屬操縱者。
過去的經歷如同白紙全被消除了。
而真實情況則是，綾波麗是利用莉莉絲的體細胞和綾波唯（也即是碇真嗣母親）的基因結合制作的克隆體，同時體內蘊含著莉莉絲的一點靈魂碎片，作為莉莉絲的靈魂容器而存在。
大概是技術上的不夠成熟，按道理利用莉莉絲細胞制造的EVA零號機應該與綾波麗非常匹配，但是在實際試驗過程中零號機卻一直處于不太穩定的狀態，各種失控事件不知道發生了多少次，駕駛員與EVA最基礎的神經元同步率也不算高，這就導致EVA零號機能夠發揮的力量和絕對領域強度都比較有限。
在抗擊第四使徒的過程中，零號機就受過重創并且導致了綾波麗受傷，之后一直處于重建和維修之中，因此在之后與第五使徒晝天使的戰斗中零號機只能作為一個萬不得已情況下的預備力量。
然后又經過一段時間的處理，零號機與綾波麗終于休整得差不多了，于是啟動試驗再次展開，只是整個過程依舊充滿了危險性，那個一身黃色涂裝金屬裝甲的獨眼EVA時不時就會失控，甚至經常拒絕綾波麗的精神鏈接，又或者試圖將綾波麗的駕駛席拉入危險深度。