因為準備時間緊迫，再加上現在的大明僅只有江南、臺灣等控制區域，另外民間對清廷抱有希望的人還是不少，科考的舉子從總人數上來講并不算多。
明清兩朝，平均每科取進士人數各有差別，多則三百多人，少則近百人，科舉正常分為為鄉試、會試、殿試三級，各級考試每三年一屆。鄉試中選稱舉人，會試中選稱貢士，殿試中選稱進士。如把這三級考生數量加起來，全國足有萬人以上，這還不包括之前取得生員，也就是秀才資格的童試。
從如此大科舉規模中只取二三百人，這的確是千軍萬馬過獨木橋，如果再加上南北差異，尤其是像江南這種文人輩出的地方，科舉要過關更是難上加難。就連鄔思道這樣的大才也都在科舉中落榜，更不用說其他人了。
這次開科舉，考慮到特殊原因，朱怡成采取的政策如下：第一，承認在清廷所取得的科舉功名，比如說之前的童試的秀才、舉人等等大明一律承認他們的功名，只需要在指定的機構更換新的名冊和記錄即可。第二，這次科舉鄉試、會試、殿試三級進行聯考，減少其中繁瑣環節，降低門檻，以吸引舉子參與。第三，如有之前取得舉人功名者可自行選擇直接進行會試或在相關機構登記后入仕。第四，增加明法和明算兩科，以吸引進士科外的人才。第五，就是文武并行，同時開考武舉。
因為這五點，此次科舉共前來舉子1600余人，其中武舉328人，雖然人數比想象中的稍少些，要知道這可是江南！江南的讀書人之多如過江之鯽，普通一鄉就是隨隨便便找出幾十個讀書人來，至于一縣一州來計算，那么讀書人就更多了。
參加人數雖然沒預料中的那么多，朱怡成對此倒也不意外，所謂凡事都有第一次，再說其中居然有328個武舉參加者，這已讓人覺得滿意，朱怡成相信，等此次科舉完成，隨著大明的力量逐漸壯大，那么到第二次科舉進行的時候就不是如今模樣了。
大明開考科舉，被擱置了多日的蕭永藻和查慎行在驛所無比焦慮。之前他們商議后準備從廖煥之這里打開缺口，好不容易賄賂了招待他們的官員把要求見的消息遞給了廖煥之，廖煥之收下禮物后也抽出時間來見了他們幾面，雙方就之前的談判內容進行了私下溝通。
從廖煥之的口中，他們方才得知朱怡成對于談判似乎是有些想法的，只不過朝中有些大臣，尤其是軍中將領反對談判，朱怡成雖然是監國，但對這些軍中實權人物的看法卻不好直接駁回，所以還在猶豫之中。這點，從蕭永藻和查慎行來看和他們對朱怡成的判斷是正確的，更堅定了所謂的監國朱怡成只不過是南賊拿出來的一個幌子或者說真正的權利并沒有之前想象的那么大。
這個判斷不由得讓兩人暗暗興奮起來，似乎覺得完成談判有望。接下來，對于廖煥之的拉攏更是熱衷，以期望廖煥之的身份以協助他們完成談判。可這事剛進行的順利，南賊的科舉就大張旗鼓地開始了，作為主考官的廖煥之當然無法分身，這事也就很自然地又耽擱了下去。