不過，對于政府結構，這些就要靠孫嘉淦自己來了，清廷西狩之后，朝中有身份的官員幾乎逃了個一干二凈，留下來的不是小官就是小吏，這些人中哪些可用，哪里不能用，孫嘉淦可直接決斷，無論是軍機處還是朱怡成那邊，他們需要看的只不過是結果。
對此，孫嘉淦早就有所準備，同王東等商談后就正式走馬上任。不得不說，孫嘉淦此人能力的確很強，短短幾日之內，他就從之前的滿清官吏中先挑出了一些人來，再加軍管方面派給他的軍官組成了一個大致的府衙結構，隨后就開始一步步著手接過整個北京城的管轄。
之前軍管，雖然穩定了北京秩序，但軍管替代不了政府部門，當政府部門的架子搭起來后，一些職能也開始逐漸運轉。再加上軍方的支持和大明政府后期不斷向北京派遣中下級官員以充實各部門后，北京城也漸漸完成了過渡。
但孫嘉淦的工作依舊日夜繁忙，自來北京城后他幾乎沒怎么休息過，每日里都在無數的事務中度過。
就像現在，除去一些小事，擺在他眼前的就有兩件大事，這兩件大事都是迫在眉睫的。
第一件事，就是皇宮。
清廷西狩，明軍入城后清掃城中殘敵，同時暫封了紫禁城。這樣做是林建章等人出于考慮，紫禁城是皇帝居所，他們作為武將直接接手很不合適，所以暫封皇宮，一是為了避嫌，二來也是等待南京正式派人來接手處置。
這件事就需要孫嘉淦來進行處理，現在紫禁城雖然暫封，但不能說紫禁城內就沒有人了，留下來的宮女太監還有不少，再加上錦衣衛作為皇帝親軍暫時充作侍衛，以守衛皇宮。
孫嘉淦到任后，對于皇宮中的宮女太監進行了刪選留用，同時依造大明內宮要求重新進行調整。這些情況孫嘉淦也寫成了詳細奏折轉報至南京，朱怡成對此并無異議，不過朱怡成提出三點要求。
這三點要求其一是必須確保皇宮完整，宮內物品整理歸檔不得遺失。其二是對于留用人員刪選必須嚴格，無論是宮女還是太監要做成檔案，此事需錦衣衛參與。其三就是去處皇宮內關于滿清的痕跡，無論是宮門匾牌還是裝飾，但凡有滿清痕跡的一應不能留存。
畢竟，大明以后是要以北京為都城的，一個大明的皇帝在有明顯帶有滿文滿飾的皇宮中居住不成了天下人的笑柄？雖說現在大明財政困難，一時間還拿不出銀子來重新修繕紫禁城，但只是進行簡單的去處滿清痕跡這點還是能做到的。
而第二件事更是重要，這件事是孫嘉淦離開南京時朱怡成特別關照的，那就是叮囑孫嘉淦打聽當年其祖父朱慈煥，也就是崇禎帝第五子，民間俗稱的朱三太子，后名為王士元，和其父王兟（朱和兟）、叔父王在（朱和在）、堂弟王鈺寶（朱怡鈺）等人尸骨的下落。
當年，康熙狠下毒手，對他們施以極刑，后來朱怡成聞訊后在南京為其各人立了衣冠冢進行祭拜，而今北京城已經拿下，自然要收其尸骨以入土為安，這件事實際上錦衣衛一直在查詢，但由于當時只知道其殘尸被丟到了城外亂墳崗，至于究竟在何處卻一直無法確定，所以讓孫嘉淦到任后仔細打聽。