移民來源的解決并不是問題的結束，而僅僅只是開始。接下來還要把這些移民運輸至新明，大明的海軍雖然強大，但畢竟海軍有海軍的責任，不可能用戰艦來作為長期運輸艦投入。
所以，移民的運輸民間的海船就將成為主力，畢竟現在大明海貿發達，民間的運力已不亞于大明海軍，從某種程度來講甚至更有效率。
大明之前的南海海戰中，就由寧波商行的海船來負責后勤，極有效地支持了這場戰役的勝利。之后，在北擊天津衛的戰役前后，各商行的海船也負責了大量人力、物資等各方面的運輸，直到現在為止，來往南北的船只依舊保持著一個極龐大的數量。
大明已經向世界邁出了腳步，隨著商業的繁華和對海外的擴張，民間的商船也越來越多，而且這些商船的規模也越來越大。尤其是當大明海軍開始建造新式戰艦后，各大商行為了滿足遠航的需求，也陸續開建了大型遠航武裝商船，所以從這點來講，把這個任務交給各大商行是最合適不過的。
不過，商人注重的是利益，沒有利益的事商人是絕對不會做的。對于這點，朱怡成很明白，也不想去破壞這個規則。公平買賣，這是商業的基礎，如果朝廷以強制性的方式要求商人進行無回報的投入，也許商人面對壓力或者會答應，但長久如此朝廷的信用就將破產，而朝廷和商人之間營造的契約精神也會被破壞，這對未來是極為不利的方式。
給予部分利益，或者直接由大明朝廷雇傭商船進行運輸，朱怡成這種做法得到了各大商行的贊同。當移民新明的計劃開始展開后，那些商人對于新明的開拓實際是最為熱心的，因為這將代表這一條全新的商路，從雙方而言，更是雙贏的舉動。
移民一事，有條不紊地進行，朱怡成基本把這事丟給了汪景祺等人處理。不過移民之后，新明的統治是眼下最重要的事，如今的新明雖然僅僅只有兩座城，可不要忘記中國人是最善于創造的人，只要中國人想去做，那怕是不毛之地都能成為魚米之鄉，何況新明這片富饒而又等待著開拓的沃土呢？
這件事，經過軍機處的討論，暫時決定在新明設置總督衙門，以統領新明軍政。等待以后新明發展到一定程度后再進行府州縣等具體劃分。
至于總督的人選，此次立下大功的潘夢園是最為合適的，畢竟新明是一片新的國土，新明總督的職責更多的是軍事，政事只不過是其中一小部分。作為海軍的高級將領，潘夢園原本就有過在琉球駐軍最高指揮官的經歷，再加上新明兩城的建立都是在潘夢園手上完成的，無論從那點來看，他擔任總督是再好不過。
至于在政事方面的弱點，這個并沒問題，軍機處會挑選一些合適的官員隨同前往，以進行輔助工作。
對于這個任命，朱怡成特意召見潘夢園又同他談了一次，畢竟他一旦擔任新明總督就要卸任如今在海軍中的職務，對于功臣，朱怡成并不想勉強，所謂強扭的瓜不甜，不過令朱怡成欣慰的是潘夢園并沒反對，一口答應了這個要求，這讓朱怡成很是高興。