對于西班牙的審判進行的極為順利，早在拿下馬尼拉后，大明就收集了許多西班牙人的罪證，何況還有通事處之前就搜集到的一系列證據。此外，幸免于難的華人和明人也是這場大屠殺的人證，再加上馬尼拉城中還有不少非西班牙人存在，這些人同樣可以作證。
還有普通的西班牙人中也有良心未泯者愿意當證人，甚至一些在殖民地政府有著官職的西班牙人，為了減輕自己的罪責也成了當庭證人。
其實這并不希奇，因為西班牙人根本就沒想過他們會丟失呂宋，畢竟西班牙人在呂宋經營了上百年，勢力根深蒂固，在西班牙帝國看來，呂宋早就是西班牙人的天下，在自己的殖民地干這些事根本不算什么。
畢竟，西方國家在新大陸和非洲等地沒少干過這種事，對于當地人的屠殺行為更是比比皆是。僅說新大陸吧，自大航海時代發現新大陸后，原本生活在這片土地的印地安人在極短的時間內就被屠殺上千萬，之后的屠殺從未停止過，導致人口急劇下降，等到十九世紀后期和二十世紀初期，印地安人甚至成了少數民族面臨消亡，那時候西方各國才陸續出臺了對印地安人的保護法律，就算這樣至二十一世紀時，美洲大陸的印地安人總體人口數量依舊不多。
所以在西班牙人看來，只要不是西方人，殺上一些是理所當然的。再者他們在呂宋搞這種屠殺不是頭一回了，前后幾次不都是沒受到任何指責么？甚至當年任職的官員還因為屠殺有功回到本土后受到了西班牙國王重用。
正是因為這些原因，這一次西班牙人雖然表面上和之前稍有些不同，從一開始就躲藏在后面遙控，把土人推出來當成替罪羊，以圖撇清自己的關系。
可是這都是自欺欺人，在強大的聯軍面前，西班牙人最終無奈投降，由于戰敗的太快，丟失馬尼拉后這些相關證據是一找一大堆，當這些證據呈上法庭的時候，所有人都看得觸目驚心，西班牙人的罪狀簡直就是罄竹難書。
在此，不能不提一個人，那就是在這場屠殺中為保全華人和明人，組織力量奮起反抗，之后又為法庭提供許多實證的功臣包德榮。
作為通事處在呂宋的最高官員，包德榮此次可以說是立下了大功，不僅是他，他的幾名下屬，比如羅素、姚亮、劉華幾人同樣立功不小，還有那些通事處的其他人員，這些功勞王東作為聯軍的總司令和大明軍機大臣已寫了奏折送至北京，朝廷很快就能為他們授勛嘉獎。
包德榮在最后一戰中身負重傷，幸好后來搶救及時，這把他從死神的懷抱中拉了回來。
不過這次重傷后，包德榮左臂殘了，身子也落下了毛病，再也無法在通事處繼續任職。由于包德榮的這次表現讓王東很是欣賞，所以在征求包德榮個人意見后，王東決定把包德榮從通事處要來，讓他暫任馬尼拉知府一職，至于正式任命他也寫在奏折送了出去，如不意外的話朝廷很快就能批復。
當人證和物證送至法庭后，出乎意料的是最為憤慨并要求嚴懲兇手的并非是大明和葡萄牙、英國三國法官，反而是那位年長的意大利傳教士。這位傳教士憤慨地在法庭發言，聲稱這是違背了上帝意愿，為上帝所不允許的殘忍行為，這些西班牙人根本就不能自稱上帝的子民，他們已經完全投入了撒旦的懷抱，因為只有魔鬼才會做出這種事來。
在法庭上，呂宋都督里維拉到是保持了作為軍人的氣質，對于一系列的指控并不否認，同時坦然愿意接受任何審判結果。反而檢審庭庭長薩爾瓦多卻垂死掙扎，極力狡辯屠殺事件并非出自他的意圖，而是那些土人所為，他這個檢審庭長僅僅只是未能及時察覺，并且在之后應對失當，從而釀成了這個慘狀。
不僅如此，薩爾瓦多還矛頭一轉，當庭指責聯合艦隊在毫無理由的情況下出兵呂宋，攻擊西班牙艦隊和馬尼拉城。這種行為是不宣而戰，不僅是對西班牙帝國的挑釁和侮辱，同樣也是對整個西方世界的挑戰。
面對薩爾瓦多的掙扎和狡辯，聯合法庭用無法辯駁的證據一一展現回應，同時又召來十幾個人證當庭作證，這些人證中不僅有華人，也有西方各國的人，甚至還有幾個就是薩爾瓦多的下屬和同僚，再加上里維拉的口供和當初帶兵攻擊莊園的馬丁內斯上校和他的部下等人證言，都證明了薩爾瓦多才是真正的幕后主使。
就算面臨這一切，薩爾瓦多依舊未肯認罪，可惜的是無論他是否認罪，證據確鑿之下一切都真相大白。