此外，總參謀部原本屬于五軍都督府，朱怡成準備把總參謀部連同五軍都督府進行重設。
按照明制，五軍都督府分為前、后、左、右、中五個都督府，按照五府結構分設，分別管理京師和天下各衛所軍隊，從品級上同兵部相等，規定五軍都督府對軍隊無調遣權，其調遣之權由皇帝直接掌管；兵部在軍隊中雖有任免、升調、訓練之權，但不統兵。每逢戰事，由皇帝臨時委派專人擔任總兵官，統率衛所部隊出征，戰事結束，總兵歸還將印，軍隊歸還衛所。
從這點就能看出，朱元璋當年設置五軍都督府是按照當初反元時的大都督府結構基礎再加上宋時的樞密院來進行的，同時避免兵部過于染指軍權，從而把日常軍隊的管理、統兵等職權直接交由五軍都督府，可同時又限制調遣權歸皇帝直接掌管，從而確保皇帝對軍隊的掌控。
不得不說，朱元璋的這種設置有獨到之處，而且在前明早期起到了極好的效果。但由于土木堡之變后，前明勛貴集團在土木堡幾乎被一掃而空，從而使得文官掌握的兵部權利大增。
英宗之后，五軍都督府的地位開始逐步下降，等到前明中后期，勛貴在朝中已徹底失去了同文官抗衡的能力，五軍都督府也就此成了擺設。
但對于朱怡成來講，朱元璋設置的這套機制還是有可取之處的，而且朱怡成同當年的朱元璋一樣，為了防止未來文官獨大，從大明復國起就重新建立了新的封爵制度，以其來形成勛貴集團來牽制文官集團。
至于在軍隊方面，朱怡成在南京時就增設總參謀部，以確定五軍都督府對于軍事的權利，而之后又在五軍都督府內部劃分五軍都督的職權，把原來按五府分設的結構調整為按軍種和所職進行。
現在大明的五軍都督府名義上掛著羊頭，實際卻是賣著狗肉。
其中中軍都督府實際上就是京營或者說中央衛戎部隊總司令部。前軍都督府已成為陸軍總部，后軍都督府為海軍總部，左軍都督府統管預備役，右軍都督府為總后勤部。
這五部，再加上總參謀部，連同六部之一的兵部，從而形成大明現在的軍事結構，由皇帝朱怡成全權掌控。此外，地方上再劃分軍區，以分設總鎮，確保大明軍權的控制。
而這一次軍機處調整，朱怡成不僅要增設鐵道部和商部，同時還要重新確認總參謀部和五軍都督府的職權。對于這個調整，其實在返都北京時朱怡成就在一直考慮的了。
此外，宣傳部朱怡成暫時維持現狀不動，但禮部這一塊朱怡成卻要再動上一動。
其實在滿清時期，滿清為了處理民族和藩國機制，已增設了理藩院，理藩院主官同為尚書等同六部，由此來看，滿清六部其實并非六部，而是七部，而且理藩院的建立的確為處理這些事務解決了不少問題。
對此，朱怡成準備從禮部和鴻臚寺中的職權中劃出部分，增設外交部，以替代滿清的理藩院職權。但相比理藩院，外交部的職責卻要重了許多，要知道滿清的理藩院僅僅只是處理邊緣民族地區和周邊藩國事宜，而如今大明除了這些外，更多了還有同天下各國之間的交往。