此外在生態方面，如果轉基因作物的相關基因向親緣野生種轉移，就會污染到整個種子資源基因庫，從而改變區域性植物基因，甚至是全球性植物基因，這將會對生態環境造成巨大危害。
并且，人類也是自然生態系統中的一部分，人們擔心，這些轉基因植物很可能還會危及到部分已植物喂食的動物基因，最終影響人類基因。
比如普斯泰事件，1998年秋，蘇格蘭Rowett研究所的普斯泰在電視臺發表講話，聲稱他用轉雪花蓮凝集素基因的馬鈴薯喂大鼠，大鼠食用后“體重和器官重量嚴重減輕，免疫系統受到破壞”。
加麻大的轉基因油菜超級雜草事件，1995年，加麻大首次商業化種植了通過基因工程改造的轉基因油菜。
但在種植后的幾年里，人們在油菜地里發現了個別油菜植株可以抗1~3種除草劑，進而有人稱此為“超級雜草”。后來經過調查，產生這種油菜植株的原因，是由于農民在收獲轉基因油菜種子時部分遺落到田間，第二年再種新的油菜品種時，原來的種子發芽成熟后與新的品種之間發生基因漂移所致。
1999年應該的權威科學雜志《自然》刊登了米國康乃爾大學教授約翰·羅西的一篇論文，指出蝴蝶幼蟲等田間益蟲吃了撒有某種轉基因玉米花粉的菜葉后會發育不良，死亡率特別高。
還有好些類似的事件，雖說有些事件后被正式是誤傳，但并沒有減輕人們對于轉基因技術和轉基因農作物的憂慮，反而加重了不信任感。
人們認為，既然這些轉基因植物能夠影響其它農作物，甚至影響動物，那么人類在接觸和使用這些轉基因植物又或者是被轉基因動植物所污染的植物和畜禽，很可能人類的基因也會被污染，從而產生一些疾病，對人體造成傷害。
另外基因技術采用耐抗菌素基因來標識轉基因化的農作物，在基因食物進入人體后可能會影響抗生素對人體的藥效，作物中的突變基因可能會導致新的疾病。
轉基因技術中的蛋白質轉移可能會引起人體對原本不過敏的食物產生過敏，分割重組后的新的蛋白質性狀是否完全符合我們設想的需求有待研究論證其的安全性。
還有基因的人工提煉和添加，有可能增加和積聚食物中原有的微量毒素，以及不可預見的生物突變，會使得原來的毒素水平提高，或產生新的毒素。
甚至對于生態系統而言，轉基因食品是對特定物種進行干預，人為使之在生存環境中獲得競爭優勢，這必將使自然生存法則時效性破壞，引起生態平衡的變化。且基因化的生物、細菌、病毒等進入環境，保存或恢復是不可能的，其較化學或核污染嚴重，危害更是不可逆轉。
雖說目前民眾對于轉基因技術的擔憂仍未消除，但事實上轉基因農作物已經在悄悄間進入到了我們的生活之中。
很可能我們所購買的某種食物的原材料中，既有轉基因原材料。而市場上所標注的那些非轉基因農產品中，有多少是真的，又有多少只假的呢。
當然了，大家也不必太過擔心。從目前的一系列研究報告上來看，轉基因技術和目前市場上的一些轉基因農作物都是安全的，并不會對人產生營銷，造成危害。
而且多個國際組織，如世界衛生組織（WHO），經濟合作與發展組織（OECD），世界衛生組織（WHO），聯合國糧農組織（FAO）國際科學理事會，歐盟委員會等等國際和區域性組織都表示，目前尚未顯示轉基因食品批準國的廣大民眾食用轉基因食品后對人體健康產生了任何影響，目前上市的所有轉基因食品都是安全的，可以放心食用。