按照李斌的規劃，每個禁軍衛的每個鎮，都要下轄兩個旅的重騎兵、一個旅的輕騎兵和兩個旅的重裝步兵。
每個府兵衛的每個鎮，則下設一個旅的輕騎兵、兩個旅的重裝步兵和兩個旅配備鐵甲鎧和強弩的輕步兵。
李斌自己兼任了桂州鎮守府的鎮守使，樊噲、龍且為副鎮守使。
任命薛禮為襄州鎮守府的鎮守使，呂布、楊再興為副鎮守使。
任命秦瓊為眉州鎮守府的鎮守使，黃忠、宇文成都為副鎮守使。
任命尉遲恭為碧州鎮守府的鎮守使，高寵、許褚為副鎮守使。
陸遜依然為東蠻都護府的鎮守使，馬超、張遼為副鎮守使。
周瑜依然為南蠻都護府的鎮守使，趙云、張郃為副鎮守使。
三十六支禁軍衛的主帥，分別是周瑜、陸遜、薛禮、秦瓊、尉遲恭、趙云、張郃、馬超、張遼、高寵、許褚、黃忠、宇文成都、呂布、楊再興、樊噲、龍且、魚俱羅、史萬歲、賀若弼、韓擒虎、顏良、文丑、周泰、太史慈、龐德、灌嬰、程普、黃蓋、韓當、陳武、徐晃、夏侯惇、夏侯淵、典韋和甘寧。
三十六衛支府兵衛的主帥，分別為張憲、王貴、姚震、徐慶、石寶、鄧元覺、王寅、方杰、周勃、凌統、徐盛、董襲、潘璋、丁奉、關勝、林沖、武松、史文恭、欒廷玉、卞祥、杜壆、蒙鐵、石肅、楊洪、李拔、李額、李騰、陶思良、陶思遠、陶思鵬、徐天皓、徐天韜、樊虎、王倉、曹勛和李宏毅。
這三十六支禁軍衛和三十六支府兵衛的主帥，絕大多數都是李斌從太極八卦圖中召喚出來的將領，剩下的人也都跟隨了李斌多年，深受李斌的信任。
而像原屠家軍那些加入鎮南軍的將領，這次沒有一個人能擔任主帥之職，不過絕大部分都擔任了各衛禁軍或者各衛府兵的副帥之職。
其實這些原屠家軍的將領，不少人也是有資格擔任主帥之職的，但是原屠家軍三十六彪將之中的楊忠進、楊忠榮、楊忠彰三兄弟，竟然暗中與大燕朝廷的文官們相勾結，最后被云社查了出來。
李斌得知此事之后大怒，立即下令解除楊忠進、楊忠榮、楊忠彰三兄弟的兵權，把他們三人投入大牢。
李斌雖然恨不得把楊忠進、楊忠榮和楊忠彰三人碎尸萬段，但是看在原屠家軍其他將領們的面子上，李斌倒也不準備真的把楊忠進、楊忠榮和楊忠彰三人給宰了。
可是楊忠進、楊忠榮、楊忠彰三兄弟，得知與朝廷文官們的事情敗露，竟然想在東蠻都護府起兵，同時又派人去聯絡鎮南軍之中那些原屠家軍的將領們。
這三兄弟手中有東蠻都護府的三個府兵鎮，加起來足有十六萬五千兵馬，然而他們還是太不了解李斌。
別看李斌表面上對麾下的將領們信任有加，但是暗地里卻讓云社秘密在這些將領們的身邊安排了大量眼線，當然對太極八卦圖召喚出來的將領，李斌還是百分百信任的。
楊忠進、楊忠榮、楊忠彰三人剛剛有反叛起兵的意思，就紛紛被人給毒殺了，至于是誰下的毒手，也就不言而喻了。
目前鎮南軍中原屠家軍的將領還有三十一人，包括二十四太保當中的五名南蠻人，這三十一人都擁有宗師武者的實力，很多人還配得上智勇雙全這四個字。
特別是韓震、徐鷹、王勝、董赫、方笠、楊倫、趙通、魏歇、霍謙這九名原屠家軍十三金剛中的領兵大將，按照資歷、戰功和能力，完全夠資格擔任一衛之主帥。
可惜他們都被楊忠進、楊忠榮、楊忠彰三兄弟給連累了，以至于這次鎮南軍的軍制改革，他們當中無一人能成為主帥。