五天之后，鄭芝龍、鄭鴻逵率兵到達，勒克德渾所部前鋒，逼近延平，福州城，由此陷入危境。
雖說鄭成功勸止鄭芝龍投降清廷未果，至孔廟哭廟、焚儒服，與其父分道揚鑣，可血脈親情割舍不斷。
事實上，在歷史中鄭成功也不是與其父反目成仇，只是鄭芝龍欲投清，鄭成功反對無效，然后鄭芝龍要北上福州進見多鐸、博洛，而鄭成功勸阻，認為清廷為因此對鄭芝龍不利，然而鄭芝龍不聽，他執意北上，這才有了鄭成功率己部脫離南下廣東之舉。
所以，在剛開始時，鄭成功并不全是因為忠誠于隆武朝，而與父親反目。
而到了鄭芝龍在福州被博洛軟禁，攜往順天府之后，鄭成功這才正式全力抗清，名義上是為了光復大明江山，可實際上，至少有一半是為了他的父親。
試想，鄭芝龍在清廷手中，如果鄭成功無力抗清或者也投降了，那么鄭芝龍對清廷的作用就沒有了，只有鄭成功始終堅定地抗清，鄭芝龍才安全，鄭成功越把清軍打痛了，鄭芝龍在清廷心中的份量就越大，這也是鄭成功自始至終堅定抗清的原因之一。
當然，誰都有私心，亂世之中，能自始至終守得住心中底線者，都是英雄。
說這些，只是說明，鄭成功與鄭芝龍最多只是意見相左，并沒有仇怨可言。
何況鄭成功與其叔父鄭鴻逵一直交情頗深，鄭鴻逵雖說在鎮守仙霞關時，得知清軍逼近，未發一矢，聞訊逃竄，致使清軍直入福建。可在鄭成功舉事之后，鄭鴻逵也是追隨鄭成功抗清的，而且鄭成功能率部脫離鄭芝龍，如沒有鄭鴻逵暗中私放，鄭成功也帶不走那支軍隊。
所以，這種血親對陣于城墻之上，對任何人都是一種折磨。
鄭成功由此整個人恍惚起來，抵抗變得消極。
南城門一度失守，幸好張煌言有備，派一支吳爭當時留下用來保護張煌言的軍隊，組成一只數百人的敢死隊增援南門，經過一番浴血拼殺之后，才將鄭芝龍所部趕下了城墻。
可能救得了一時，卻救不了一世。
鄭成功過不了心中心魔，就無法形成抵抗合力。
而三面都在交戰，城中一時無法調整部署，否則將李成棟一部調防南門，也可阻止鄭芝龍部的進攻。
緊急關頭，黃道周與鄭成功進行了一次深談。
最后做出的決定，讓人大跌眼鏡——撤退，明軍以撤出福州城，來換取清軍不追擊。
張煌言聞訊愕然，連李成棟這個叛將都為之憤然。
可古怪的是，隆武帝朱聿鍵竟同意了鄭成功和黃道周的決定，答應派人與鄭芝龍、多鐸談判撤軍事宜。
兩日之后，一萬多明軍有序撤離福州，至港口登船南下廣州。
至此福建全境被清軍所占，可嘆的是，福州一城百姓，因全力襄助明軍守城，被清軍秋后算帳，五天之內，被屠殺者，多達一千多戶，近萬人，福州城內與城外一樣，尸山血海。
興，百姓苦；亡，百姓苦！
……。
更可笑的是，以為隆武帝朱聿鍵已經殉國，原本奉旨在廣州招募新軍的隆武朝大學士蘇觀生，聯絡大學士何吾騶、廣東布政使顧元鏡，侍郎王應華、曾道唯等以“兄終弟及”為名，擁立朱聿鍵的弟弟朱聿鐭為監國，以都司署為行宮。
可這時，在肇慶已經監國的朱由榔大為驚怒，立即宣布登基為帝，史稱“永歷帝”。
消息傳來，蘇觀生等人立即應對，兩日后擁立朱聿鐭為帝，史稱“紹武帝”。
登基事起倉促，連龍袍都來不及準備，去借了套粵劇伶人的戲服將就將就，這就成了皇帝。
而當隆武帝朱聿鍵率軍到達廣州上岸時，這一個廣州，就有了三個皇帝，而永歷、紹武兩個皇帝正刀兵相見。
起因是永歷朱由榔派遣兵科給事中彭耀、兵部主事陳嘉謨前往廣州，以藩王禮節拜見朱聿鐭，規勸其取消帝號。