大順殘部郝搖旗、劉體純部獨木難支，只能向川南潰退，開始與大西軍殘部有了交集。
清軍再次占領湖南以西及廣西全境。
而之前派人向吳爭提議聯合圍剿浙南、福建的鄭成功，也遭遇了他反清以來，最大的一次慘敗。
兩年前（1647）隆武進滅亡后，鄭成功避走金門，在沿海各地招兵買馬、收編其父舊部，僅在南澳募集了數千兵力。
之后，鄭成功在小金門，聚集起超過六萬大軍，以“忠孝伯招討大將軍罪臣國姓”之名誓師反清。
之后，鄭成功與從弟鄭彩以二萬大軍攻海澄，不想被不到萬人的清守軍擊敗。
次月，鄭成功再其叔與鄭鴻逵部，合圍不足六千守軍的泉州府，久攻不下之后，因清漳州將軍王進率援軍趕來增援，鄭成功不敵敗退。
年前，得到原南明浙江巡撫盧若騰等人效忠來歸，鄭成功也再次蓄積實力，原想與吳爭聯合南北夾擊福建、浙南清軍，可惜被吳爭婉言拒絕。
鄭成功一怒之下，率軍出擊，起初還算順利，輕松攻克同安，再次進攻泉州府城，攻了一月，還是攻不下，這時，清靖南將軍陳泰、浙閩總督陳錦、福建提督趙國祚等率部圍魏救趙，圍攻鄭成功身后同安，守同安的鄭軍不敵，守將、軍民死傷無數。
后路被抄，鄭成功無奈之下，舍棄泉州，愴然退回海上。
這時，原先吳爭率舟山水師至福州救援隆武帝時，已經歸降隆武的李成棟，再次反叛，以所轄明軍，再次降清。
清定南王孔有德率軍二萬，沿衡州、永州、全州、興安，一路所向披靡，如入無人之境，直至桂林鎮守。
清軍重新占領廣東全境。
靖南王耿繼茂由寶慶、武岡、靖州占領黎平。
由于忠貞營被吳爭收編，撤出湖南、江西，在湖北的清平南王尚可喜部，一路由長沙南下，郴州、梧州直至兵臨南寧城下。
自此，鄭成功與永歷朝的聯系被隔斷，其所轄之地僅有廈門周邊、閩南及附近諸島，麾下軍隊也劇減至不足三萬，由此蟄伏起來，積蓄實力。
如此的戰局形勢，清廷終于松了口氣，懸在頭上的劍，不再那么緊迫了。
一統天下的目標，露出了勝利的曙光。
因與義興朝簽訂了停戰、互不侵犯條約，清廷開始調轉方向，向西北、西南增兵。
未曾有大損傷的徐州駐軍，以敬謹郡王尼堪為主將，贖買回去的喀爾楚渾為副將，一路撲向西北甘肅，準備平定去年暴發的米喇印、丁國棟回民起義。
同時，勒令在西安至漢中駐足不前、消極怠戰的吳三桂，配合孟喬芳所部，對川中大順、大西軍殘部進行圍剿。
此時，如果在地圖上，就武昌為原點，南北拉一根垂直線，那么東面已經“和平”，西面戰火燃燒得更加猛烈，又是一半海水、一半火焰。