進入登州后的第二日，不管愿不愿意，尼堪讓人將城里的匠人一股腦遷到了船上，這一趟收獲還是很大的，孫元化在登州大辦火器作坊，打造精銳的水師，將登州、萊州兩府在冊的火器匠人、船匠幾乎都弄到了此地。
在原本的歷史上，由于是通過水路離開了，孔有德帶走了大批的匠人，這些匠人為滿清的崛起立下了汗馬功勞，不過這一次或許是受到了李九成的覆滅以及海面上更加強大的船隊的影響，他們并沒有選擇海路，而是選擇了地遁。
加上帶了大量的家屬，這一次他們并沒有將工匠帶走。
尼堪又召集城里的頭面人物進行了商議。
“諸位，我是奴兒干都司的都指揮使，雖然也在大明名下，不過卻是一個羈縻的所在，那里地廣人稀，土地肥沃，正是漢兒大有作為之地”
“明軍的德性你等也清楚，等他們進了城，等待你們的多半是屠城，如今你們只有一日的時間做出抉擇，是跟著本汗去奴兒干都司，那里雖然苦寒，不過能逃過一劫，還是留下來等著城外的明軍拿你們的人頭邀功，悉聽尊便”
最終城里有約莫五千戶愿意跟著尼堪去奴兒干都司，不過還有一半依舊對明軍抱有幻想，也舍不得離開故地，去那遙遠的甚“奴兒干都司”，在他們眼里，去那里無異于流放。
水城里的港口還停泊著大量的船只，加上孫龍俘獲的龔正祥水師的船只，加起來有幾百艘，能出海的大船就有兩百多艘，足以將這近六千戶人家遷到奴兒干都司了。
第二日一早，尼堪將牢房里那一千多龔正祥的水兵放了出來（龔正祥被殺），讓他們與登州船坊的匠人一起駕駛這幾百艘大船，又派十艘兩層甲板大船護衛，先讓這些人出發了。
等船隊已經遠去一個時辰后，尼堪才下令將外城的大門打開。
……
朱大典、高起潛等人圍在孔有德挖的那地道入口面前，大多數都是目瞪口呆、扼腕長嘆的模樣，只有高起潛暗自高興。
“兩位大人”
尼堪上前略拱了拱手。
“看來這叛軍故意利用狂風巨浪的天氣襲擊水門外的明軍水師，以堅定我軍‘他們必定從海上突圍’的心思，實際上卻暗渡陳倉，挖地道跑了”
“叛軍逃跑之時，將城里的金銀財寶、糧食搜刮一空，我部入城時一無所獲，除了一些匠人，這些人已經被我部運走了，叛軍的家屬大半也跟著跑了”
尼堪這樣說是為了避免明軍對城里展開屠殺和洗劫，城里既沒有他們想要的人，也沒有什么錢財，就不要禍害百姓了。
不過朱大典、高起潛還好說，他手下的這些將領卻不這么想。
尼堪將吳直、沈志祥留了下來，他已經將擊破水門的功勞讓給了他們。
在諸將妒忌的眼神中，尼堪坐船離開了登州。
在諸將的心目中，孔有德等人離開時自然是將大部分金銀財寶帶走了，不過留下來的估計也不在少數，這些多半被先一步入城的尼堪獲得了，若不是尼堪在前不久的戰事中顯示出了強橫的戰力，這些明軍估計都有“火并”、“搶一把”的心思。
等尼堪帶著剩下的船只離開后，所有的明軍立即對登州內外展開了慘絕人寰的大屠殺，十五歲以上的男丁一律殺死，腦袋割下來當做叛軍的，十五歲以下的年幼男女、年輕女人留了下來，或被軍將強納為小妾，或作為“財貨”等著發賣。
原本登州城有一萬多戶，近六千戶跟著尼堪走了，剩下來全部被明軍屠殺。
登州頓時成了一座空城。
大屠殺連朱大典、高起潛都阻止不了，或許他們根本也沒有心思阻止。
高起潛還暗暗高興，今日離月底還有幾日，自己能提前幾日“光復”登州，總算沒有辜負皇爺的厚望。
對于城中的百姓，“為虎作倀”，這便是二人的心思，屠城也是對其它可能收納叛軍城池的警告，這在大明是通行的做法，在前不久結束的奢安之亂中，相關城池也是同樣的下場。
不僅是登州，登州附近的招遠、黃縣、棲霞都是同樣的命運。