李淵還是低估了關隴貴族對于自身利益維護，高看了自己對李唐王朝的掌控，導致他天真的認為失去諸多家主之后，各家私人部曲是一盤散沙，不成氣候，這才悠哉悠哉的坐等囚禁在獨孤府的關隴貴族發生內訌，然后以和平手段收回各家軍隊為己用。孰料，就在他囚禁了諸多關隴貴族家主數日，房陵郡上庸縣忽然傳來的消息，給了他一記沉重打擊。
以獨孤氏為首的獨孤派的私人部曲集結于上庸縣，除了獨孤氏的部曲以外，還有‘北周八柱國’后裔于氏、趙氏、侯莫陳氏，‘北周二十四將’后裔達奚氏、賀蘭氏、田氏、常氏、怡氏、辛氏、梁氏、王氏、韋氏、韓氏、赫連氏、若干氏……林林總總計有三十二家，絕大多數都是‘八柱國二十四將’后裔。可見，根深蒂固的老牌關隴貴族始終是以獨孤氏為首，并無幾家買新興貴族竇氏的賬。
這既是獨孤整用一生時間維護所致，也是老牌關隴貴族對新興關隴勢力的不屑，更關鍵是大隋王朝蒸蒸日上，而李唐王朝岌岌可危的處境，要是隋唐兩朝易地而處，獨孤氏絕不可能拉到這么多家族跟他們謀反。
值得李唐王朝慶幸的是參與叛亂的世家門閥數目雖多，但是很多家族的私人部曲要么還在益州，要么在路上，所以集結于上庸的軍隊只有三萬余眾，這是各家部曲心憂陷落于襄陽的家主，提前起事所致，要是再等上幾天，恐怕就不止是三萬人了。
這三萬余名裝備精良、訓練有素的軍隊以獨孤彥云為帥、獨孤卿云為副帥，于仲文之子于欽明為左行軍司馬、賀蘭師仁為右行軍司馬。
獨孤彥云不負獨孤澄之所望，他接管全軍的第一步不是立即出兵，而是就地整編。
為了避免戰事不順之時出現哪家出力多、哪家出力少、哪家犧牲多、哪家犧牲少等等爭論，獨孤彥云索性將這些問題都擺到臺面上說，和各家代表開誠布公的進行了商議、探討。并提出了將全軍打亂、打散，重新組建什、隊、旅、團等作戰體系的概念，目的是將三萬余名將士凝成一支比較正規的軍隊，而不是三十多個小團體。如此一來，大家你中有我、我中有你，打仗的時候以軍隊的編制出擊，就不會存在誰家出力多、誰家犧牲多、誰家打硬仗之類的糾紛了。
各家代表都是被家主提拔上來的出類拔萃之士，見識和能力遠超常人，心知獨孤彥云的顧慮很有必要，毫不猶豫就采納了打散重編的建議，扣除各人的親兵之后，得兵三萬，然后效仿隋朝軍制，成立六師，推出六名虎賁將軍、十二名左右虎牙將軍，六師之下設有三十衛，由各家主將推薦三十名鷹揚郎將、六十名左右郎將，校尉也由他們推薦上來，至于正副旅帥、正副隊正、什長這種底層武官，由士兵們以武爭奪。
經過兩天時間的緊張整編、選拔，一支人數三萬的正規軍正式成立，他們打出了‘清君側、除奸佞、正朝綱’的旗號，浩浩蕩蕩的殺向襄陽。
就在這支軍隊集結于上庸之際，縣令見勢不妙，第一時間派人往前襄陽，向李淵緊急匯報。
異常震驚的李淵緊急召集重臣在武德殿商議對策。
武德殿內，百多名文武重臣聚集一堂，將信函傳閱一遍過后，空蕩蕩的大殿之內鴉雀無聲、針落可聞。
李淵此時已經從震驚震怒之中回過了神來，他語氣凝重的說道：“朕沒料到自己最倚重、最信賴一群人，竟然背叛了朕、背叛了犧牲無數關中兒郎才建立起來的大唐王朝。朕明明知道他們有不軌之心，明明抓住了有利的證據，可也只是禁止他們行動而已，若是有心傷害他們，哪會等到現在還不下手？可他們呢？”
“他們不但不念朕之仁義，反而召集三萬多名將士向大唐國都進軍，‘清君側’不過是一個冠冕堂皇的借口，這分明就是想推翻朕的大唐，將朕的人頭和大唐江山獻給楊侗，以求楊侗的寬恕。”
李淵憤慨之余，又感到惡心之極，當初他晉陽宮打起了‘清君側’旗號，結果卻被支持他反隋的獨孤氏玩了一出‘清君側’，這算什么？
報應嗎？
他深吸了一口氣，森然道：“對于這些背信棄義、忘恩負義之徒，朕不能容忍，更不想容忍，不殺不足以震懾宵小、不殺不足以平民憤。朕將諸位卿家召集至此，不是要你們獻出妥協方案，而是希望大家群策群力，制定出一個穩妥的平叛之策。”