然而李仲文卻沒有絲毫感恩之心，反而對李淵頗有怨言，原因有很多，首先是李淵入主關中之后，立即對功勛赫赫的李秀寧翻臉，不但把她和李仲文、何潘仁、向善志、丘師利辛辛苦苦建立起來娘子軍拆分吞并干凈，還把李秀寧貶為潼關守將，最后更是和親給了楊侗，身為李淵嫡女的李秀寧尚且落到這步凄慘的田地，她麾下大將自然也好不到哪里去，李仲文和丘師利、何潘仁、向善志也通通被李淵打發去看門了，使他們這些立下大功的將領失去了一切權利。
但這只是一種不滿，并不是李仲文怨恨李淵的根本原因，而根本原因是李淵過河拆橋，血洗了關隴貴族，雖然李仲文的家族屬于竇氏派系，僥幸逃過了清洗之劫難，但也使他的家族失去了九成土地、九成奴隸和八成財富。之后更是縱容李元吉以各種毫無理由的理由，除掉了李氏的許許多多枝葉，使他一家成為李氏碩果僅存一家，作為李氏家主，這一直是李仲文最大心病。
不過李淵是李唐王朝的皇帝，他心中再不滿也不敢有絲毫異動，只能老老實實的當著他的巴西郡太守，因為李淵雖然任命他為驃騎大將軍，但同時也把他最后的軍權收回，從而使他這個驃騎大將軍沒有絲毫權力。所以當竇軌派人與他聯絡，說是要支持李世民發動宮廷政變時，李仲文毫不猶豫的投降了李世民，將忠于李淵的郡丞許洛仁給宰了，之后獲得了趙國公的爵位。
這次，李仲文得竇軌引薦，成了六萬大軍的主帥，也算是圓了他的統帥之夢，而段元哲也確確實實是他麾下大將，不過此人依仗自己是李世民嫡系將領，十分不服李仲文這位主帥，平時更是陽奉陰違，當李世民讓他們主動進攻隋朝的命令抵達巴西郡，李仲文和段元哲在進軍方向上出現了矛盾。
李仲文認為漢川郡是隋朝占領了多年的疆域，即便他們偷襲成功也是后續乏力，一旦尉遲恭從順政郡回師，得不到漢川軍民支持的唐軍最后也只能帶著遺憾退回，與其犧牲無數將士做此無用功，倒不如進攻通川郡，畢竟唐朝在這里的民眾基礎比較好，而隋軍剛剛攻占不久，正處于比較混亂的權力交替過度期，若是唐軍在此打開局面，那么則能把隋軍抵回西城郡，并且還能和張士貴、侯君集連成一片，而漢川方向，只需讓小股軍隊駐守三大險關便可將隋軍御于國門之外，然而，因為‘一人得道、雞犬升天’的段元哲打仗是把好手，但在戰略戰術方面卻半點不通，他與李仲文執了相反的意見。
李仲文這個新任統帥根本壓制不了段元哲，而軍中許多將領也圖北擊漢川便捷，無奈之下，李仲文只好順著眾人心意，對段元哲進行妥協，讓他帶領一萬士兵北擊漢川郡，至于自己，則是打算通過清化郡進軍通川郡，結果他這邊才到儀隴縣，就收到了三關失守、段元哲全軍覆沒的消息，于是迅速退兵，企圖奪回三關所在的普安郡。然而不等他有所行動，薛萬均便殺向巴西，占領了南充縣，無奈之下，讓大將李高遷率領兩萬大軍火速南下，將隋軍兵鋒截在相如縣，以免了李仲文統帥的三萬大軍腹背受敵。
李仲文的大營駐扎在巴西郡西水縣之北的西水河畔。從閬內縣運來的糧草堆積如山，六千頭驢騾運送六萬五千石糧食已經上路，李仲文正在軍糧大營內視察。
他近來行動無功，根本原因還是糧食后勤無法保障，從而延緩了大軍的進度，而西水縣雖然不是最好的路線，但在糧食后勤保障上卻比他處都要順利得多，至少不用擔心有敵軍來騷擾糧草大營。更何況這里往北，可以選擇攻擊普安郡黃安縣、梓潼縣、臨津縣；若是往西，則可進擊新城郡鹽亭縣，奪回被黃君漢占領的新城北半郡，與張士貴聯兵一處。
不過他所在位置距離相如縣的李高遷部還有數百里路程，他就擔心李高遷擅自行動，遭到薛萬均或是蘇定方伏擊和攔截，當然，如果張士貴能派一支軍隊從遂寧長江縣出兵，牽制南充縣的隋軍，不但取到威懾隋軍的作用，還能把自己、李高遷、張士貴這三支軍隊連成一片，從而形成一個守望相助的三角之勢，不過李仲文也只是想想而已，畢竟張士貴的處境也不樂觀。
李仲文思索了一會兒，忽然向一名親兵令道：“去把裴司馬給我找來！”
“喏。”親兵答應一聲，轉身向中軍大帳方向奔去。
雖然李仲文也在普安、新城二郡設立情報點，但卻遭到段元哲的反對，理由是沒必精悍斥侯太少，與其浪費在自己的國土之內，倒不如將他們派得更遠，密切的監視著漢川隋軍一舉一動，段元哲所說的理由也不是沒道理，在這個問題上，李仲文并沒有太過堅持，但也正是唐軍在己境失去了情報點，而隋軍奪下三關之后，就封鎖了一切道路，不準任何商賈行人往來，致使李仲文遲遲無法得知清化、義城、平武、普安、金山五郡已被隋軍占領的重要情報。
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