而此時，登州和萊州之間已經通過海路建立了聯系。王業泰得知謝漣要招撫孔有德，連忙派人乘船往萊州阻止。像孔有德這樣的人，心中沒有一點忠義之心，即便現在迫于形勢投降，早晚必生禍患。
不過王業泰也知道，像謝漣這樣的明朝官員，一個個都非常的有主見，未必肯聽自己這個勛貴武將的。
于是，王業泰留下一千軍隊守登州，親率五千士兵乘坐戰船向萊州而去。
果不其然，還未到達萊州，便聽到孔有德試圖靠著談判拿下萊州城的消息，幸虧萊州城守軍機警，才沒讓孔有德得逞，但是登萊巡撫謝漣卻被孔有德抓住了。
王業泰率領軍隊從海路而來，讓失去了兩個巡撫的萊州官兵頓時有了主心骨。
平遼侯，遼東總督，屢敗建奴的大明第一戰將，王業泰的威名讓萊州城內將領和官員心甘情愿的把指揮權交給了王業泰。
王業泰入主萊州后第一道命令，便是取消和叛軍談判，并給各路明軍下令，命令他們火速率軍趕到萊州城外，配合萊州守軍共擊叛軍。王業泰以五日為限，若是五日不到的將領，一律軍法從事！
王業泰率領平遼軍到了萊州城，對各路明軍來說簡直是天大的喜訊。有戰無不勝的平遼軍在，他們對叛軍再無一絲畏懼。于是，鄧圮、王洪等將率領軍隊紛紛向萊州趕來。便是吳襄也絲毫不敢延遲，率領關寧鐵騎狂飆猛進，一日行軍一百二十里，向著登州進發。
在等待各路明軍的同時，王業泰暗中派人去見毛承祚、陳友德等人，告訴他們，若是能殺掉孔有德耿仲明，則會赦免他們的罪過。
絕路之下，毛承祿等人再也顧不得同為東江軍的情義，悍然發生了內亂，毛承祿、陳友德各率軍隊向著孔有德耿仲明發動了猛攻。
一時間，叛軍內部自相殘殺起來。
王業泰在萊州城頭看著好戲，誰勝誰負對他來說都是無所謂。
一番激戰之后，毛承祿不是孔有德的對手，率領殘兵逃到萊州城下，請求明軍保護。而孔有德擊敗毛承祿后，也已經精疲力竭。
而就在此時，鄧圮、王洪和吳襄各帶軍隊殺到，向著叛軍發動了猛烈的進攻。
一番激戰后，叛軍大敗，孔有德死在亂軍之中，耿仲明投降后，被王業泰下令斬首。
至于一開始投降的毛承祿、陳友德，王業泰信守承諾，沒有殺掉他們，但他們手中的軍隊卻被整編，取消了他們軍權。
于是，在王業泰到達登州一個月后，孔有德之亂徹底平定！而經歷了近半年的戰亂，整個膠東半島滿目瘡痍。
山東經歷了建奴入侵，又經歷了孔有德之亂，大半的山東成了廢墟，無數的百姓流離失所。
就在這個時候，王業泰掛出了招人的旗幟，招募山東百姓前往遼東墾殖。凡是愿意往遼東去的百姓，每個成年男丁給二十畝的田地，婦女孩童減半。王業泰許諾，這些新開墾的田地，三年免交田賦。
驅趕了建奴之后，諾大的遼東地廣人稀，急需要有人墾殖，山東百姓是最好的人選。
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