整個故事可以大致分為以下幾個階段：
第一階段，秦義成為指揮官，通過模擬戰役了解人類與蟲族之前交戰潰敗的情景，了解了指揮官和安塞波通訊的必要性，接受了指揮官的職位，并認真訓練。
第二階段，在完全熟悉了控制臺的操作之后，秦義開始進行模擬訓練，本來一切順利，但在加入“擬真元素”情況突然急轉直下，人類軍隊潰敗。為了提高勝率，秦義慢慢地開始習慣于接受AEEIS的數據和建議，漸漸變成一個沒有感情的指揮機器。
第三階段，秦義看到了自己原本所在的AS-371-45小隊執行任務的場景，并最終做出了和前任指揮官同樣的決策。秦義在矛盾和掙扎中最終理解了前任指揮官的行為，為了勝利做出了許多令人痛苦的抉擇。
第四階段，所有人都認為秦義已經做好了準備，但換來的卻是現實更兇殘的打臉。在最終戰役的推演中，即使完全按照AEEIS的建議來指揮，人類依然節節敗退。
秦義幾乎陷入崩潰狀態，他不再相信人類可以在這場戰爭中獲勝，不論欺騙與否、不論采用何種指揮方式，都無法贏得戰爭的勝利。
第五階段，秦義悟到了用冷冰冰的數據去衡量每個人的價值是錯誤的，原本的指揮方式確實在一定程度上提高了作戰效率，但用蟲族的戰術去打蟲族、想要把所有士兵都變成冷冰冰的機器是絕對不可能成功的。于是，秦義選擇將實情告訴所有士兵，用一次絕境中的演講重新激發了所有人的信念，戰爭再度出現轉機。
第六階段，高強度的思考讓秦義的身體不堪重負，在昏迷中他感受到了蟲巢意識，蟲族女皇向他展示了過往的真相，原來人類與蟲族的戰爭是人類挑起的，而蟲族女皇在蟲巢中的行為，是在嘗試著跟秦義溝通，只不過直到現在才成功。
秦義表面上做出了和解的舉動，實際上卻欺騙了蟲族女皇，執行了斬首行動，直接奠定勝局。
第七階段，以為戰爭已經結束想要撤離的秦義卻被背叛，他乘坐的指揮艦沖入蟲群中自殺，卻沒想到因為次級女王全部被斬首之后，擁有蟲巢意識的他成為蟲群新的大腦。
影片的最后，實際上留下了兩個懸念。
第一個懸念是，決定出賣秦義的到底是執行委員會還是AEEIS？
AEEIS對秦義說的那番話，將鍋全都推給了最高執行委員會，營造出了一種“狡兔死、走狗烹”的感覺。但在最高執行委員會的會議畫面中，AEEIS卻又說是秦義主動尋死，而委員們都表現得非常懊悔。
這顯然有兩種可能性：一種是AEEIS欺上瞞下，既騙了秦義也騙了最高執行委員會，不費吹灰之力地干掉了一個人類的軍事天才，為以后自己接管全部人類軍隊掃清了障礙；另一種是最高執行委員會中的一部分人對AEEIS進行了授意，并假惺惺地演戲。
而這兩種可能性，分別在暗示著未來的“智械危機”或者“內戰”這兩種不同的續集。
第二個懸念是，在利維坦巨獸體內的秦義繼承了蟲巢意識，身體也被蟲族改造，變成了一種特殊的生命體。他是一名軍人，對人類有著天然的忠誠，但卻遭受了最可恥的背叛。
秦義到底會選擇帶領蟲群復仇？還是會走上一條其他的道路？他到底還能不能被稱作人類？他對自己將會如何認知？
這些內容顯然要留到之后才能揭曉了。
……
星際戰爭的大場面，讓所有的觀眾目不暇接，有的人甚至沉浸在這種震撼的情緒中，連驚呼都忘了。
從最開始人類遭遇蟲群時的潰敗，到小規模的擬真訓練，再到最后在浩瀚星空以及星球地表的大規模戰役……
電影中所有的戰爭場面都是循序漸進、不斷升級的，觀眾們跟隨著秦義隊長從弱到強，一步一步見證了人類與蟲族在宇宙空間中曠日持久的宏大戰爭。
讓魯曉平感到很震驚的是，雖然這部電影的特效非常酷炫，但它顯然并不是只有特效。
在故事的講述和對觀眾的情緒調動上，這部電影也做得非常出色！
雖然整體而言，電影的戰爭場面是在不斷升級的，但每個階段的情緒基調卻是在不斷起伏，就像是一條波浪線，有高峰也有低谷，呈現出一種在波動中螺旋上升的狀態，讓人完全捉摸不透。
其他的電影往往是通過角色間的沖突來展現這些內容的，例如在陷入困境時，一個團隊內性格不同的成員提出不同的解決辦法，激烈的爭論會讓熒幕前的觀眾也變得煩躁，而在最后眾人意見統一、克服困難的時候，觀眾們會覺得情緒獲得了釋放。