緊接著，游戲進入第二階段。
剩下的100名玩家被分成了兩個陣營，進行一場50VS50的小型戰役。滿編的小隊仍舊是保留目前的配置，而那些殘缺不全的小隊則按照系統的匹配規則進行合并、補全，最終讓兩個陣營的實力評級大概在同一水平線。
陳沙幸運地當選了己方的指揮官，同時也簡單地向玩家們科普了一下這款游戲具體的指揮官篩選機制。
這個篩選機制的有趣之處在于，會根據前一階段各小隊、各玩家的表現來決定。
系統會將玩家在匹配時是否主動選擇了指揮官職位、玩家之前擔任指揮官時的勝率表現、玩家小隊在之前對局中的戰績表現等等因素綜合起來，經過一定的權重計算以后，選出最佳的指揮官人選。
而且，由于經過了第一階段的戰斗，各小隊的戰績、身上的物資、占據的位置等因素都可以作為權重，衡量這些小隊的真實實力，所以分配后雙方的力量必然是比較均衡的，比那些進入游戲之前就根據玩家歷史戰績來匹配的方式好得多。
玩家在第一階段搜刮到的物資、奪取的戰略要地，在第二階段仍舊會保留下來，這就讓第一階段的冒險行為獲得的收益能夠延續，跳人多的地方變成了高風險、高收益的行為。
是跳人多的地方、冒著高風險殺出一條血路，讓自己在第二階段的戰斗中占盡先機呢？還是跳人少的地方，搜刮物資茍到第二階段的混戰呢？玩家可以根據自己的喜好選擇不同的策略。
在50VS50的戰斗正式打響之后，陳沙開始指揮各個小隊，奪取地圖上的戰略要地。
大地圖上的戰略要地作用各不相同，例如：空軍基地可以進行偵查，在地圖上短暫顯示某一區域的敵情，也可以空投補給，讓前線的士兵們獲得子彈、護甲以及槍械；碉堡可以對附近區域進行火力壓制，機槍手職業操作碉堡中的機槍可以說是一夫當關、萬夫莫開，強攻需要付出很大代價；戰地醫院可以為玩家提供急救包和恢復藥品，也可以加快傷員的復活速度。
經過第一階段的混戰之后，這些據點掌握在對戰雙方的手中，基本上呈現出一種犬牙差互的狀態，而且雙方的實力相近，只要集中優勢兵力進攻基本上都能拿下據點，所以戰況就會特別激烈。
有些重要據點可能反復易主，雙方都集中了大量的戰力，不斷派出增援，打成了絞肉機一般的態勢；
也有些據點看似處在戰場邊緣，卻有可能因為守軍的松懈，被敵方小股部隊突然滲透、奪取，從而造成戰場形勢的驟然逆轉。
而且，雙方的交戰不一定是在據點內，一位真正優秀的指揮官會懂得根據據點的功能、火力壓制范圍，將戰場選在一些地形獨特的隘口。而對方想要突破這個隘口，傻呵呵地沖是沒有意義的，必須要懂得動腦子，不論是集中優勢兵力多方進攻，還是派出小股部隊繞路奇襲，又或者是避其鋒芒選擇另外的主攻方向，都要視當時的具體情況而定。
戰場形勢千變萬化，所有小隊的隊長在指揮小隊戰斗的同時，也要向指揮官實時匯報戰場內的情況，而指揮官則是要想盡辦法分析敵軍的意圖，第一時間做出反應，甚至是提前預判，才能帶領己方玩家贏得勝利。