第三紀元靈氣復蘇時，妖族覺醒得比較早，因此那會人族便成了妖族的奴仆與牲畜，一直被壓榨了數萬年之久，那是堪稱人族的黑暗時代。
一直到后來，劍宗率先扛起復興人族的大旗，開始在從妖族手中拯救人族。
之后，依照妖族的天賦神通而模仿出來以及從第一、第二紀元的洞府挖掘出來的各類典籍，才終于支撐起了道門術法的體系，因而后來也才有了天宮。
至于靈山、稷下學宮，則是隨著人族大興之后，才終于從隱宗現世的舊時代山門。
也正是因為有了這些人族勢力的興盛，人族才終于迎來了曙光，不僅擊殺了妖皇，還將妖族也給趕到了北州——當時的北州，乃是玄界最為荒蕪和艱苦的地方。
不過隨著人族與妖族的紛爭逐漸停歇，人族的各種矛盾也終于由對外變成了內斗。
首當其沖的便是靈山。
八千年前，靈山因過激手段打死了蜃妖大圣，不僅引發了妖族的真正大團結，更是在靈山內部埋下了禍亂的根源。
隨著后來一千年時間的演變，這個禍亂根源不僅沒有被撲滅，反而還越演越烈，漸漸有了兩個流派的爭鋒。
一派是溫和派，認為天地萬物皆有靈，妖族也是生靈一員，所以不應繼續打殺，而是應該給他們一次改過機會。
一派是激進派，認為妖族并非生靈的一員，與世間一切魍魎魑魅一樣皆為惡，是需要被凈化消滅的存在。
兩個靈山流派的理念之爭，最終引發了方字輩尊者的墮落——他認為如今的靈山弟子，皆是軟弱之輩，長此以往如何壯大靈山，如何壯大佛門，如何讓佛門理念發揚光大？
這位方字輩的靈山尊者，便是后來的魔域七尊之一，代表著“癡”之一念的癡和尚。
因為癡和尚的出現，靈山當時是陷入了玄界的輿論浪潮，被包括劍宗、天宮、稷下學宮等宗門聲討。
而癡和尚的墮魔，自然也就加速了靈山的衰亡。
大概在三百多年后，靈山兩派的爭執徹底白熱化了，但很可惜，這個時候的靈山依舊沒有發現，他們已經成了一個火藥桶。而之后，隨著癡和尚又一次突然在靈山現身，誘使大量激進派的佛門弟子入魔，靈山徹底爆發了一場誰也沒有想到的內亂。
在這場內亂中，本就人數不多的堅字輩靈山和尚全部死絕，除此以外還有大量固字輩靈山和尚也跟著死去，幸存下來的人連同劍宗、天宮、稷下學宮的修士，終于將癡和尚趕回魔域。
只是如此一來，靈山的式微也終于不可避免。
此事之后又過了一百多年，隨著因那場大戰而受傷的固字輩弟子逐漸圓寂，新生代的忠字輩弟子也越發的表現出不同的極端傾向，僅剩的最后一名固字輩弟子，終于不得不解散了靈山。
從此，靈山便正式在玄界成為了過去式。
但從靈山脫離的弟子，也帶著各自不同的理念，組成了兩個新的門派。
小雷音寺和歡喜宗。
而那些沒有加入這兩個宗門，依舊信奉著靈山溫和理念的那批佛門弟子，也團聚在了玄界最后一位固字輩弟子的身邊，組成了號稱繼承靈山正統的大日如來宗。