聯邦的內戰也依然發生了，這一次沒有吸血鬼卷入其中，德古拉依然在羅馬尼亞安靜的沉睡著。
不過他也沒有辦法一直這樣安靜睡下去了，因為某個叫范海辛的家伙，要來找他的麻煩了。
聯邦的內戰最終依然以北方的勝利告終，隨著之后的來自北方的清洗，許多南方人都選擇前往北方進行生活，其中就包括克利德夫婦和他們的孩子。
也正是在這個風起云涌的年代里，某一個來自西方的探險家，沖進了非洲的瓦坎達王國。
雖然時任的瓦坎達國王，振金的守護者黑豹殺死了他。但是他的船員卻依然將他的航海筆記和瓦坎王國的傳說帶給了他的家人。
這個探險家的孫子，就是后來再次入侵瓦坎達的尤利西斯·克勞。可以說，克勞家族和瓦坎達以及振金的孽緣，從那個時候就已經結下了。
隨著時間進入二十世紀，在1917年這一年中，霍華德·斯塔克和巴基·巴恩斯誕生了，次年史蒂夫·羅杰斯也出生了。
三年之后，羅杰斯的女友，瑪格麗特·佩吉·卡特也出生了。二戰時期的主角們誕生之后，一切故事的開啟源頭，也隨之誕生了。
在卡特出生的第三年后，亞伯拉罕·厄斯金教授在德國一所大學開展超級士兵血清的研究工作。
同樣又是三年后，九頭蛇的重要成員，新生代的領袖約翰·施密特開始尋找宇宙魔方。
隨著22歲的霍華德·斯塔克創建斯塔克工業，日后將會壟斷整個聯邦軍火市場的企業誕生了。
就在斯塔克工業誕生一年之后，在巴伐利亞的城堡中，亞伯拉罕·厄斯金博士在約翰·施密特的強迫下，為其注射了實驗中的超級士兵血清，但實驗的副作用是將其變成紅骷髏的模樣。
事實上藥劑的副作用也就是它本身的效果，放大使用者身上的一切特制。紅骷髏在獲得了超人一等體質的同時，也因為內心的扭曲和邪惡被放大，最終變成了紅骷髏的模樣。
獲得了超強能力的紅骷髏，成功的在挪威滕斯伯格的一間教堂內，找到并奪走了宇宙魔方。
紅骷髏的失敗，讓厄斯金博士發現了自己藥劑的問題。因此他最終選擇了史蒂夫·羅杰斯。
厄斯金教授看重史蒂夫·羅杰斯的高尚品質，給了他一個參軍的機會，參加超級士兵計劃。
利用厄金斯教授的血清和霍華德·史塔克的輻射技術，史蒂夫·羅杰斯成為世界上第一名超級士兵，但是隨后厄斯金教授也被九頭蛇特務所槍殺。
而紅骷髏和佐拉博士則在阿爾卑斯山的九頭蛇基地研究宇宙魔方，利用其能量制造出了先進的武器，然后膨脹的九頭蛇開始正式與NC黨斷絕關系。
在前線表演的史蒂夫得知了巴基被俘虜了，隨后他便前去解救巴基的部隊，并且初次與紅骷髏交手，最終紅骷髏和佐拉博士炸毀兵工廠逃離。
隨后，美國隊長和被他就回來的軍隊精英夢，建立了歷史上的第一支咆哮突擊隊。這支隊伍也沒有了各種奇怪的成員，而是全部由普通成員組成，其中就有著獵鷹的祖父。
在次年的戰斗中，咆哮突擊隊突襲了九頭蛇的火車，雖然俘獲佐拉博士，但是巴基也跌落懸崖失蹤。
悲痛的美隊帶領著咆哮突擊隊奇襲九頭蛇總部，紅骷髏駕駛瓦爾基里號逃跑，美隊追上并發生戰斗。
紅骷髏手持宇宙魔方被傳送到了沃彌爾星球，成為靈魂寶石的守護者和擺渡人，而美隊則與瓦爾基里號一起墜入格陵蘭島。
霍華德·史塔克在搜索史蒂夫的過程中，卻意外找到了宇宙魔方，他在自己研究了一段時間后，就交給了神盾局和聯邦政府，用作飛馬計劃。
在戰爭結束之后，前九頭蛇的研究人員佐拉博士也出獄了，并且被神盾局招募進入回形針計劃，此后佐拉博士和一些九頭蛇殘余勢力追蹤到了幸存但斷臂的巴基。
佐拉博士開始重組九頭蛇，并且從內部侵蝕神盾局，抹除巴基的記憶，給他安裝了金屬假肢，改造成為冬兵，再次低溫冷凍起來。
就在佐拉博士開始重組九頭蛇的第二年，在未來再次瓦解九頭蛇的男人出生了，這個人叫做尼克·弗瑞。