提起九頭蛇，多數知情的人或許都會告訴你，那是一個孕育自德國納（na）粹的邪惡組織。二戰時期一個叫施密特的家伙創立了這個組織，給組織上上下下的成員們灌輸了近乎邪教的信仰，并把“統治世界”當做了組織的終極目標......是的，又老土又中二的目標，在這個反派普遍越來越有個性的時代已經很少再有人把這種老掉牙的夢想當成終點了。
然而事實上，九頭蛇最初其實并非是由施密特創立的。這個組織幾千年前就已存在，他們最原始、最初的志向事實上也沒后來整的那么遠大。他們一開始的目的很簡單——迎接地球上最早誕生的一個異人回歸。
這部分故事就又不得不說到古代克里人來到地球做的那個實驗了。當初為了給克里帝國的戰爭提供更多優秀的戰（炮）士（灰），克里人在地球上進行過一系列基因調整的實驗，并因此創造了異人這個種族。但為了方便管理，他們需要一個人類的代言，一個異人的統治者。
那就是歷史上的第一個異人，被稱作“蜂巢”。
對被統治者來說，蜂巢就是絕對的權威。他是至高無上的統治者，被相信為神的化身。他被賦予了讓無論多強大的任何異人心甘情愿俯首稱臣的天賦，以便于他替克里人實行統治。
可無論他看起來活得多么光鮮亮麗、風光無限，說到底他畢竟是克里人的代行者。就算說是個王，那也是個戴著枷鎖給人打工的王。
直到駐守在地球的克里人發生了內訌。一系列的內部糾紛后，克里帝國最終決定終止異人實驗，所有克里人全部撤出了地球。至此，一直壓迫在蜂巢頭頂的幕后老板終于轉身走人，他總算能夠咸魚大翻身、當起真正貨真價實的統治者了。
然而好景不長。
蜂巢長期坐在王位上的肆意妄為引起了強烈的反抗，一批僥幸逃脫他魔爪的異人聯合起人類，想方設法把蜂巢放逐去了一個未知的外星球。
而那些希望他能回來繼續統治領導的人，則創建了“九頭蛇”這個組織的雛形。他們立志要將蜂巢從另一個星球帶回來，他們儲存著能打開通往外星傳送門的石頭，并且定期派人通過那道門試著把他們的領袖帶回來，可幾千年來進去人從未有一個出來過。
幾千年后，九頭蛇發展到今天，已經再沒多少人知道這個起源故事了。而就算是那些知道的人也大多都再沒把它當一回事。幾千年的歲月實在太過久遠，久到那位據說是九頭蛇之神的遠古統治者留下的威望和信仰都已被消磨殆盡。
開玩笑，這都幾幾年了？天知道那個老不死現在掛了沒。就算他真的這么能茍，到現在都還沒斷氣，但是一個人在外星放逐了數千年就算不死也該瘋了吧？
因此對于后來多數思維正常的九頭蛇領導們來說，和這什么所謂“迎接九頭蛇之神”的白癡理想相比，果然還是紅骷髏那套“干翻盟軍統治世界”的老土野望更靠譜一點。
然而就算時至今日，還真仍有著那么一小撮古老的家族，哪怕傳承至今日那位古老神明的能力和名字都已遺失，他們卻仍矢志不渝地堅持著信念。幾千年的歲月里他們仍堅持不懈地派人去傳送門的另一邊探索，期望有那么一天突然就有人能從門的另一邊回來，順便帶回某只能幫他們一統世界征服一切的究極異人......
......不過貌似說來說去還是想征服世界嘛，這么說來果然但凡是從九頭蛇里出來的就連做起白日夢都沒啥創造力。