耿紀、韋晃兩人，分頭領數百人廝殺，剛開始因為王必軍沒有準備，進展還算順利。
因為無人相助，手下軍卒損傷越來越多，這些人畢竟不是戰場老兵，看到身邊的人不斷倒下，已經畏懼不前，又有探子來報，金祎、二吉皆被亂軍殺死。
耿紀、韋晃已經盡力，一見事不可為，兩人一合計，也不攻擊了，奪路殺出南門，想要逃往江東。
剛出城門，就被夏侯惇的大軍圍住，雙雙被活捉去，而手下還有百余私兵，扔了兵器欲投降，但被夏侯惇下令當場斬殺。
城內局勢一定，漢獻帝躲入深宮，被曹真牢牢控制在手中，夏侯惇這才領兵入城。
入城以后，夏侯惇救滅遺火，知道了舉事的五個首腦，開始抓捕，盡收五人一家老小，同宗也不放過，使人飛報鄴城的曹操。
曹操聽說許昌這次的事情鬧騰的不小，王必差點就失手了。
賈詡提供的情報，認為這是事件是江東孫權的手筆。
但曹操認為，單憑孫權手中拿幾個細作，還搞不出這么大聲勢，似乎還有劉備的影子。
細作證實，朝中百官，也有不少人參與其中，應該還得到了漢獻帝的默許。
漢中之戰在即，劉備為了遲緩緩自己出兵速度，出手給自己添亂，也在情理之中。
問題是朝中有一批不長眼的官員，依然心存漢室，主動給劉備提供助力。
曹操心存忌憚，還不想承擔篡位的名聲，不敢把漢獻帝怎么樣，決定借此機會，清洗一批忠于漢室的官員。
曹操傳令夏侯惇，讓他將耿、韋二人，及五家宗族老小，全部斬于市，并將在朝的大小百官，盡行拿解到鄴郡，聽候發落。
夏侯惇派人抓捕耿、韋二人的家人，但已經人去樓空，只留下是一些老仆，也被盡數斬殺。
金祎家中，也只有數名老弱病殘，而吉家兄弟，早已經死于亂軍之中，他們本來就是無家可歸之人，自然沒有家眷、親屬可殺。
雖然牽連甚小，但被夏侯惇公報私仇，把平時自己看著不順眼的幾個朝廷官員的家眷，抓過來頂數，當做是耿紀、韋晃的族人，一起殺了。
夏侯惇不問緣由，殺雞儆猴，盡殺五家老小宗族，將朝廷百官盡皆抓捕，鎮住了那些蠢蠢欲動的人，許昌很快恢復了平靜。
曹操明面上不敢對漢獻帝無禮，但對那些搖擺不定的朝中百官，可沒有客氣，那些官員解到鄴城以后，曹操把他們盡數拉到教場上，立紅旗于左、白旗于右，并下令道：
“耿紀、韋晃等造反，放火焚許都，汝等亦有出門救火者，亦有閉門不出者。如曾救火者，可立于紅旗下；如不曾救火者，可立于白旗下。”
眾官自思，出門救火者必無罪，于是多奔紅旗之下。只有三分之一的官員立于白旗下。
曹操卻教盡拿立于紅旗下者，眾官各言無罪。
曹操卻說道：
“汝當時之心，非是救火，實欲助賊耳。”
這一句話說完，也不管那些官員中是否有冤屈，盡命牽出漳河邊斬之，死者三百余員。
其立于白旗下者，盡皆賞賜，仍令還許都就職。
曹操有選拔了一大批親信官員，補齊朝中百官，朝中換一班人物，至此，曹操已經拉下臉面，不顧他人非議，徹底把控朝廷，漢朝已經名存實亡。
漢獻帝雖然還居于許都皇宮之中，卻與軟禁無異。