時間來到木葉56年，佐助和楠雄已經在忍者學校上了兩年學。
鼬也已經13歲，被三代任命為暗部分隊隊長。
止水卻沒有聽從團藏的話，雖然他不知道為什么團藏的禁咒沒起作用，但他卻將這件事瞞了下來，經過和鼬的商量開始和三代進行接觸。
止水與其說依舊是根的成員，不如說是恢復了暗部的身份，只是在根臥底。
三代猿飛日斬經由止水的報告和有意識的去調查，發現團藏的確有很多過分之處，甚至和大蛇丸有很聯系，人體實驗也有他的一分。但是讓卡卡西將那個唯一幸存的木遁使者帶入暗部后，他還是沒有對團藏進行處理，只是開始慢慢削弱他的權力。
長老們也開始動搖，逐漸分成兩派，但主要還是以猿飛日斬這個火影黨為主。
卡卡西退出了暗部，開始按照三代的建議開始帶忍者學校剛畢業的學生。
同年，傳來了大蛇丸叛逃曉組織的消息。
這還不是最重要的，木葉得到不確定消息，大蛇丸不知道用了什么辦法，竟然讓田之國大名同意，讓他在國境內成立了音忍村。
這讓木葉的長老團們都炸了。
如果音忍村的影真的是大蛇丸，那么大蛇丸將不再是木葉的叛忍，而是田之國音忍村的影，按理來說是擁有和火影一樣地位的存在，木葉將不能再以叛忍的名義去追殺和逮捕他。
于是木葉和宇智波逐漸緊張起來的氣氛瞬間被這個消息壓下去了很多，現在大蛇丸才是最重要的。
畢竟宇智波這幾年來似乎也沒有表現出明顯的抗議，不如說他們組中的宇智波止水和宇智波鼬這兩個天才是很明顯的火影派。
不如說，比起之前宇智波家族的蠢蠢欲動，這幾年來的宇智波家族已經漸漸安分了下來。
至少通過布滿宇智波家族族地的監控并沒有發現大量謀反發言和行動。
這都要歸功于止水、鼬和富岳三人。
由止水和鼬作為村子和家族之間的緩沖帶，再由富岳慢慢統一家族內的意見，告訴他們關于監控的事情，表示木葉其實什么都知道，但是三代并不準備做什么，只要他們不動手。但同時，只要宇智波不先動手，木葉絕對不會先下手，這是三代的保證。
自然有很多宇智波不滿意，他們準備謀反本來就是因為村子的一再驅逐，竟然還裝了監控？這不是更過分了嗎？這能忍嗎？
“那么就要因此犧牲大量的生命嗎？就要重新挑起戰爭嗎？你們確定在村子有準備的情況下能贏？”宇智波富岳問。
他們無言了一會兒。
宇智波一族都是極其驕傲的，被稱為忍界第一族的他們現在竟然混到現在這個地步，這無疑是讓人很窩火和不甘心的。
“但是大蛇丸叛逃，最近更因為他建立音忍村的傳言導致自來也和綱手都去找他了，現在的村子……”
“你們太小看村子了。”宇智波富岳打斷他，“我說了，村子是有準備的，不要因為九尾而小瞧村子，整個木葉村都是一個大陣，一旦啟動沒人會知道發生什么，而且還有這么多年積累下來的卷軸和忍者……”
“這些且不說，就說付出巨大代價贏了，我們要怎么面對虎視眈眈的其他國家？據說造成7年前的那次九尾之亂的人，那個男人穿著曉組織的衣服，那么曉對木葉的覬覦也很深，他們絕對不會錯過這個機會，我們要如對付對神秘的曉？”
他深呼吸一口氣，當然這些都是鼬告訴他的，他原本也不知道。
“宇智波家族的榮光遲早會恢復，但是前提是有你們在。”宇智波富岳說，“有人才有家族。”
很多人開始動搖了。
畢竟和平難得，戰爭無疑會死去大量的人，如果親人和朋友因此死去了……
“不要急。”宇智波富岳說，“相信止水和鼬，多給他們一點時間，你們也看到這幾年的效果了，他們得到了三代的重視，宇智波已經開始重新回到世人的眼中。”
“木葉不會再壓制宇智波了，止水和鼬就是證明，鼬已經成為了暗部的隊長，止水更是被三代托付了重大的秘密任務。”宇智波富岳松了一口氣，“而我們要做的，只有將自己變得更優秀，無論何時，優秀總是不會錯的。”