邊防荒廢還有一個重要原因。朱元璋時，平時只讓出生本地的士兵和有罪謫戍者守邊，邊境有事才調動內地的軍隊，稱為客軍。后朱棣命內地的軍隊都得輪流戍邊，稱為邊班，從此邊兵逃亡的人數逐漸多起來。
而邊軍的屯田制度，從宣德、正統時起也開始遭到破壞，分駐各邊鎮的親王、太監、軍官等都爭相侵占屯田，役使軍丁為他們耕種，軍丁不堪虐待，逃亡的就更多了。
當時，象山西、河南巡撫于謙，宣大巡撫羅亨信深知問題的嚴重性，對宦官及私黨所為極為不滿，為維護屯田制度不廢余力，象于謙就曾“盡奪鎮將私墾田為官屯，以資邊用”，而羅亨信也迫使明廷停止征收軍丁私墾田的田稅。
盡管如此，邊軍屯田仍然不能做到糧食自給，朱元璋曾下令鹽商只能拿邊境的糧食來換鹽引，于是富商大賈紛紛出錢召募農民到邊境開荒墾田，邊境的糧倉也因此充足了。
但到了孝宗弘治年間，又讓鹽商拿納銀換引，而由太倉供給邊境用糧，鹽商自然不管邊境的糧倉是否裝得滿，邊地又日見荒蕪，邊境糧價越來越貴，邊軍用糧也就越來越困難了。
武宗后，邊將冒餉，邊兵逃亡，諸如此類的事可謂司空見慣，邊備日漸廢弛。這種情形可以說一直延續到大明滅亡都沒有得到有效解決。
張居正在擔任閣臣（共六年）與首輔（共十年）期間，尤為重視九邊重鎮的建制，也做出了相應一系列的軍事改革，其宗旨可以概括為八個字：外示羈縻、內修守備。
一方面，張居正以“積錢谷、修險隘、練兵馬、整器械、開屯田、理鹽法、收塞馬、散叛黨“八事督課邊臣，務必使邊防軍事落之實處，行之有效；
另一方面，張居正知人善任，賦予總兵官很大權力，大膽任用能獨當一面的將領全權處理邊防事務，像王崇古、譚倫、方逢時、梁夢龍、戚繼光、李成梁，包括鎮守南方的殷正茂、凌云翼都是其杰出代表。
張居正勵精圖治的改革，使得九邊荒廢的問題有所緩解。
也的確，在張居正執政期間，北邊沒有發生過大的戰爭。
但像遼東、寧夏等鎮潛藏的隱患依然還在，并未得到實質性的解決。
當然，原因是多方面的，冰凍三尺絕非一日之寒，也不能僅僅從各鎮自身找原因。總之，想要徹底解決邊患的問題沒有那么容易。
就像局勢復雜的遼東與寧夏，僅僅解決哱拜和努爾哈赤遠遠不夠。
就像寧夏，哱拜一死，不知道那邊會怎么樣，還會不會發生動亂呢？
朱翊镠默許馮保暗中處死哱拜，也只是力爭將傷亡減到最小。
而想更為有效地解決邊患，還得依靠深度的軍事、經濟、政治改革和相對寬容民主的民族政策。
這天，朱翊镠正在東暖閣琢磨，見周佐急匆匆地進來稟道：
“不好了，萬歲爺，武清侯他，他上吊自殺了。”
“什么？”朱翊镠只覺腦子嗡的一下子豁然站起。
娘的！這邊問題都沒解決，那邊問題又來了。
……
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