這支水師艦隊的軍費，就是是由聯合艦隊在南海上向所有商船征收的海關稅，稅率也不高，就百抽一。
所有在南洋十國范圍海洋內航行的商船，都要上繳這筆海關稅，統一由聯合艦隊征收，只要上繳過一次后，便可領取一張納稅單，獲得一面旗幟，然后就可以在整個南洋上通暢航行了。
聯合艦隊甚至對十國聯盟成員國的商船給予特殊優惠，可以按商船大小，直接包稅，按年繳納會員費，然后一年內就不再須繳稅，不管航行多少次，裝多少貨物，都不管了。
這筆海關稅是由秦瑯提議征收的，做為聯合艦隊的特別軍費，專款專用，購買、維護艦隊的船只、武器，修建和維護水師基地，提供水師士兵的軍餉賞賜，并做為作戰軍費。
正是有了這筆錢，所以現在聯合艦隊兵力都已經增加到了一萬，水師基地好幾個，艦船、武器等都不錯，訓練方面也很充足，待遇糧餉也還行。
聯合艦隊設有一個總參謀部，由聯盟十國派將軍組成，不過實際上這個聯合艦隊是由呂宋控制的，總參謀部只是溝通各國，并提供軍事情報共享等。
指揮方面是由秦瑯任命的統領處負責，總統領也是艦隊的最高指揮官，下面幾個統領副統領分別負責人事、訓練、裝備、后勤等。
聯合艦隊不屬于呂宋武裝序列，是隸屬于南洋宣慰司的，所以也算是唐軍，他們的主要職責，就是維護南洋地區安寧穩定，打擊海賊，護衛航線，保護商船，甚至提供海上救援，以及有義務和責任，打擊聯盟各國內的叛亂份子等。
尤其是這后面的這一條，甚至為聯合艦隊干涉盟國內政留下了窗口。
所以這支擁有一萬海陸部隊，主基地在南洋秦家錫港，分基地設在馬六甲獅港、巽它海峽椰港，以及處于印度洋上孟加拉灣與緬甸海之間安達曼群島中的秦家安瀾港。
還有處于爪哇與小巽它群島之間的巴厘島上的伏波島。
一主四副，聯合艦隊五個基地，除了椰港屬于秦家租界山帝王朝的租界外，其它的都是秦家自己的海外領地。
尤其是位置上，這五個基地正是處于南洋的幾個重要航線上，特別是處于進出南洋的幾個必經之處。
要進出南洋，繞不開聯合艦隊的基地。
秦瑯當初離京之前，親自向皇帝討要南洋宣慰使之銜，就是為了能夠更進一步的加強對南洋地區的話語權，而掌握了一支萬人的南洋艦隊，則這個南洋宣慰使可就不僅僅是個空銜了。
而是實實在在的對南洋地區諸國有了很強的影響力，特別是再加上近年越來越成熟，讓各國都大為得利的南洋香料同盟，讓整個南洋地區已經越來越緊密。
秦瑯從沒想過要吞并整個南洋，這不現實。
但加強南洋的聯盟關系，形成一個以呂宋為盟主的緊密聯盟，卻是值得去努力的。