呂西安所說的新發現，指的是致病菌的發現。
細菌其實很早就被發現了，早在1702年，荷蘭科學家列文·胡克就利用他自己發明的顯微鏡發現了細菌。但是當時的人并沒有將細菌和疾病聯系起來。而且因為細菌無色透明，即使用顯微鏡，最多也不過看到一些因為細菌的運動帶來的光線折射而形成的影子，根本就看不清細菌的結構特征，自然也無法分辨細菌的種類和數量。
這使得很長一段時間里，細菌的發現除了給人們提供一些談資之外，基本上就沒有其他的意義了。
既然細菌和疾病的關系得不到驗證，那么什么消毒殺菌之類的技術自然也不會出現。在此前的戰爭中，為了降低士兵的損失，約瑟夫借口說在某部中世紀的筆記中看到了，關于東方的野蠻人將包扎用的紗布用沸水煮過之后，能減少傷員發燒化膿的記錄。雖然這個說法并沒有什么科學依據，但是完全可以用事實來證明一下嘛。
結果事實證明，在使用沸水煮過，然后再在太陽下曬干的紗布代替其他未處理的包扎物，效果非常明顯，傷員和俘虜們因為感染而死亡的幾率大幅度下降了。
雖然不知道這是什么原因造成的，但是既然這種做法有效，在拿破侖成為了第一執政之后，這類做法就開始在整個的法國推廣。包括《柳葉刀》雜志上也提到了這個事情。
約瑟夫表示，“存在即是合理”。既然這個方法被證明有效，那它背后一定有我們還沒有來得及發現的科學原因。為此約瑟夫開出了五千法郎的獎金，鼓勵學者們研究這后面的科學原理。
不久之前，約瑟夫的一個愛爾蘭學生卡羅爾在約瑟夫指點的大方向上，通過自己的努力，獲得了決定性的成果。
“老師懷疑，在被煮過的紗布，和沒有煮過的紗布上一定有什么我們看不到的差異。他甚至向我提到了列文·胡克先生的發現。
波拿巴老師對我說：‘卡羅爾，我一直有一個懷疑，我懷疑傷口潰瘍、發高燒什么的，都是由某種寄生蟲造成的。這種寄生蟲非常小，很可能比螨蟲都小。以至于肉眼無法看到它。列文·胡克先生曾經用顯微鏡發現過一些非常小的生物，我懷疑，這些東西，可能就是某種非常小的寄生蟲，它們也許就是造成傷口潰瘍，發燒之類的問題的罪魁禍首。
如果我的這個猜想是真的，那么這種蟲子就一定會在化膿潰瘍的傷口上大量繁殖。只是這些東西無色透明，我們無法看清楚它們，更不要說確定它們的數量的變化了。唉，要是有辦法讓它們變成不透明，有顏色的就好了。’
當時我靈機一動，脫口而出：‘我們為什么不試試看能不能用某種染料，給這些小蟲子染上顏色呢？’