接下來的劇情進展就很快了，小智等人來到了一個叫做三圣島的地方，因為這個地方有三座小島，傳說上面棲息著三圣鳥，也就是火焰鳥，急凍鳥，以及閃電鳥。
在三圣島的周圍，還聚集著一些專門祭祀三圣鳥的人類，一開始，都是一些日常劇情，以及小智挑戰三圣鳥，然后敗的慘不忍睹之類的，輕松歡快的劇情。
而觀眾們的心情也是非常愉悅的，三圣鳥雖然是在《口袋妖怪紅·綠》里面就已經登場的口袋妖怪，不過作為種族值僅次于超夢和夢幻的存在，三圣鳥的人氣還是很高的，所以觀眾們對于三圣鳥也非常的喜歡，很多粉絲也喜歡相互之間進行辯論，爭執三圣鳥究竟是不是擁有夢幻級別的能力等等。
所以當觀眾們看到小智和三圣鳥互動，甚至進行戰斗的時候，觀眾們個個都激動不已，還以為小智終于要收服三圣鳥這個等級的強大存在了。
但是很快，邪惡的反派就登場了，有一個叫做基爾邦英的寶可夢收藏家，為了能夠收服三圣鳥，在三圣島的附近，建設了一個強大的基地，這個基地中擁有能夠困住三圣鳥的陷阱。
然后這位收藏家就發動了對三圣鳥的攻擊，借著三圣鳥出去接受朝拜的機會，立刻自己精心制作了三個陷阱抓住三圣鳥，同時也讓三圣鳥成為了自己的收藏品。
“這劇情有點套路呀！”看到這里，還是在觀眾們不由得嘀咕道。根據他們的經驗，接下來的劇情，就應該是我們的小智大戰基爾邦英，然后解救三圣鳥的故事了。
但事實證明，這些觀眾想的太簡單了一些，在基爾邦英同時抓住了三圣鳥之后，意想不到的事情發生。
根據島上的傳說，三圣鳥是不能夠見面的，否則會發生天塌地陷的巨大災難。而基爾邦英抓住了三圣鳥之后，居然將這三只鳥放在一起進行展示。
當然了，這對于一個收藏家來說，是無法避免的**，但是卻觸發了三圣鳥之間的詛咒，讓三圣鳥瞬間狂化，基爾邦英精心打造了三個鐵籠，已經無法控制三圣鳥了，最后三圣鳥破封而出，將基爾邦英的基地給徹底毀滅。
然后這個劇場版唯一的反派人物，就這么直接被他精心搭建的堡壘的廢墟給壓死了。這家伙從登場到死亡，總共還不到20分鐘的時間，堪稱是絕大部分電影里面死的最快的反派了。
但故事并沒有因此而結束，三圣鳥不能見面的詛咒被激活了，于是全部陷入狂化狀態的三圣鳥，開始了瘋狂的戰斗。
一時之間整個大海都變成了末日一般，大量的海水先是卷起了幾十米高的海嘯，然后這些海水又布滿了雷電，接著又被凍成冰塊，最后又被無數的火焰炙烤。
反正一時之間整個大海都充滿了雷電火焰和冰凍的力量，這些力量交雜在一起，對于整個海域的破壞力是瘋狂的。
居住在三圣島附近的人類慘了，他們的村子全部都毀在了戰斗的余波里面，這些人只能夠躲進山上的洞窟里面，可是海水暴漲，這些洞窟隨時有被倒灌，大量人類活活淹死的悲劇。
而海里面的魚蝦之類的海洋生物就更慘，不知道死了多少萬，反正隨著三圣鳥的戰斗，整個世界似乎都要毀滅了。
于是這個時候，就輪到我們小智登場了。
從村子里面的女祭祀口中得知，三圣鳥并不是真正的大海之王，真正的大海之王名叫洛奇亞，是世界的海神，掌控著整個海洋的力量。