而且傳說洛奇亞沉睡的地方就在這片海洋之中，如果能夠找到洛奇亞的神殿，喚醒洛奇亞，就能夠用諾基亞的力量來強行制止三圣鳥之間的戰斗。
接下來就是一段小智在海洋中冒險的劇情了，在新收服的乘龍的幫助下，小智歷經千辛萬苦，終于找到了洛奇亞的神殿，并且利用女祭司手中的圣物蘆笛，喚醒了沉睡中的洛奇亞，這是一只體型宛如泰坦尼克號一般巨大的超級口袋妖怪。
再然后，諾基亞展現了無與倫比的巨大力量，只見他飛到空中一個甩尾，就被火焰鳥給直接打飛出去。
急凍鳥想要對洛奇亞發出急凍光線，卻反而被洛奇亞賞了一個急凍光線，變成了冰雕。
最后的閃電鳥如同閃電一般的沖向洛奇亞，發出了強大的千萬伏特攻擊，但是洛奇亞的表面卻亮起了一個龐大的護罩，閃電鳥的攻擊沒有任何作用，直接被洛奇亞一口咬住。
之前足足進行了二三十分鐘激烈戰斗的三圣鳥，在短短的不到30秒時間內，就被洛奇亞全部制服，然后被洛奇亞用光給困住。
這個時候三圣鳥們也恢復了清醒，目光無比恐懼的看著洛奇亞，而洛奇亞則憤怒的看著他們，不斷的發出咆哮。
“天呀，因為三圣鳥害死了大量海中的動物和口袋妖怪，所以洛奇亞居然要殺了三圣鳥，懲罰他們犯下的錯誤！”火箭隊的喵喵聽到了洛奇亞的話，激動的說道，然后這話也傳到了一旁小智的耳朵里面。
嗯，不要問為什么火箭隊會在這里，畢竟火箭隊是無處不在的，號稱真主角是也。
得知這個結果之后，小智就沖到了洛奇亞的面前慷慨陳詞，表示三圣鳥并不是因為自己的錯誤而造成災難的，而是因為人類的錯誤陷入瘋狂之中的，在此之前幾百年的時間里面，三圣鳥都沒有犯過錯，不能夠僅僅因為這一次事情，就殺了三圣鳥，應該給他們改過自新的機會。
洛奇亞一開始是完全不打算理會小智的，他打算直接將小智給打飛出去，但是關鍵時候，小智的身上卻出現了夢幻的虛影，讓洛奇亞陷入了沉思和猶豫之中。
然后洛奇亞居然直接開口，口吐人言道，他可以給小智一個機會，讓小智指揮三圣鳥來和自己戰斗，只要在小智的指揮下，三圣鳥能夠讓洛奇亞制造一個傷口，他就給三圣鳥改過自新的機會。
然后就是一場激動人心的戰斗，在小智這位實力忽然莫名其妙的增加了實力的超級訓練師的指揮下，三圣鳥和洛奇亞開始了一場恢弘的對戰，而這場戰斗自然也是全場特效拉滿，每分每秒燒的都是上萬美金，看的觀眾們嘴巴都捂住了，似乎連呼吸也都忘記了。
最后在小智的機智之下，原本充滿了分歧的三圣鳥，終于緊緊的團結在一起，各自利用自己的技能配合戰斗，在經過足足10多分鐘（電影時長）的戰斗，成功的打破了洛奇亞的護罩，在洛奇亞的眼睛邊上，造成了一條傷口。
大戰過后，洛奇亞履行諾言，放了三圣鳥一條生路，不過三圣鳥之后必須要相互之間互相配合，重新恢復三圣島附近的生態平衡，讓死去的水族們重新繁衍起來，彌補他們犯下的錯誤。
同時洛奇亞也給了小智一個蘆笛，告訴他，他是它見過的最聰明也最勇敢的人類，以后他只要在海面上吹響蘆笛，洛奇亞就會出現，幫助小智一次。
至此，《口袋妖怪·洛奇亞爆誕》的主要劇情，就基本結束了。