姚廣孝
洪武三十一年閏五月，朱元璋去世，皇太孫即位，遺詔諸王在封國，不得到京師奔喪。燕王朱棣自北平去南京，因朱允炆詔令而停止。朱允炆用齊泰、黃子澄之議削藩，不到一年時間，周王、岷王、湘王、齊王、代王先后被廢。朱棣則在加緊活動。他挑選壯士充實自己的護衛軍，以勾逃軍為名，收羅異人術士。表面上，朱棣藏起鋒芒，假稱有病，暗中則加緊練兵。他還利用燕府崇深之便，趕制軍器。
接著，朱允炆令張昺為北平布政使，謝貴、張信掌北平都指揮使司，以謝貴控制北平，另以都督宋忠、徐凱、耿瓛屯兵開平、臨清、山海關一帶，并調檢燕府護衛軍士，加強對燕王防范措施。
朱棣的佯狂只不過是緩兵之計，畢竟不能持久，他想在大軍到來之前做好準備。他命令親信護衛指揮張玉、朱能率將士八百人入衛王城。這時，北平都指揮使謝貴已經接到朝廷的命令，帶領在城的七衛軍隊和屯田軍士包圍了王城，并用本柵截斷了端禮門等的通道。朝廷削奪朱棣王號和逮捕燕府官屬的詔書也在這時到達北平。
建文元年六月，齊泰將燕使鄧庸下獄審訊，具得朱棣將舉兵反狀，乃發兵逮燕府官屬，并密敕張信逮捕朱棣。張信為朱棣舊部，此時遂降朱棣，朱棣隨即為備。七月，朱棣以計擒殺張昺、謝貴，并命燕府護衛指揮張玉、朱能率兵乘夜攻奪北平九門，遂據北平。后以尊祖訓、誅“奸臣”齊泰、黃子澄，為國“靖難”為名，誓師出征。革除建文年號，仍稱“洪武三十二年”。他諭令將士，同時上書朝廷，聲稱根據祖訓“朝無正臣，內有奸逆，必舉兵誅討，以清君側之惡。”從此便開始了一場歷時四年之久的戰爭，史稱“靖難之役”。
四載干戈
戰事之初，因北方諸將多朱棣舊部，降朱棣從戰者甚多。朱棣先后下居庸關、懷來，捕獲南軍將領宋忠。趁勢攻下遵化，永平投降。建文元年八月，朱允炆以太祖舊將耿炳文為大將軍，率師30萬伐朱棣。大軍到達真定，先鋒抵雄縣，為朱棣所襲，9千人全部戰死。復戰于真定，又大敗。朱允炆遂以勛戚李景隆代耿炳文。九月，江陰侯吳高帶領遼東兵馬圍困永平。李景隆合兵五十萬，進軍至河間扎營。十月，朱棣親自率精騎襲大寧，執寧王朱權及其妃妾世子，得其部朵顏三衛騎兵，兵力驟增。李景隆乘虛攻北平，但不能克。燕王師自大寧返回后，于鄭村壩大破李景隆軍。李景隆退軍德州。朱棣趁機攻打蔚州、大同，引李景隆派兵救援、勞師無功。朱允炆被迫罷兵部尚書齊泰、太常寺卿黃子澄職，以緩燕師。
建文二年四月，雙方又戰于白溝河，李景隆再次戰敗，燕師乘勝圍攻濟南。山東參政鐵鉉固守濟南，以逸待勞，燕師久攻不下，敗還。九月，朝廷升鐵鉉為山東布政使，改命盛庸代李景隆。十二月，盛庸率師與燕軍會戰于東昌，燕師大敗，主將張玉戰死。
建文三年，建文帝恢復齊、黃官職。二月，燕師再度南下。三月，在滹沱河打敗盛庸，再在藁城打敗吳杰等。朱允炆以放逐齊、黃為名，使他們外出募師勤王。當時，朱棣雖多勝，但損失頗重，而朝廷軍源頗廣，燕軍于河北、山東一帶所攻下的城邑，兵回后又為朝廷兵所據。
建文三年底，有內臣自京師告密，朱棣得知南京空虛可圖，決計改變戰略。建文四年正月，朱棣率師南下。四月，連破何福、平安大軍。五月克泗州、盱眙，兵指揚州。建文帝遣慶成郡主至燕師，乞割地求和，燕王不許。