與林云的靜修不同，大漢的國土上戰爭成了主題。
黃巾起義不過一個月，全國七州二十八郡都發生戰事，黃巾軍勢如破竹，州郡失守、吏士逃亡，震動京都。
這要是沒有幕后黑手在推動，打死林云都是不信的。
漢靈帝見太平道如此厲害，有些慌了。
不過聽聞有一仙人降世，獻策于漢靈帝。
于是在3月以何進為大將軍，率左右羽林五營士屯于都亭，整點武器，鎮守京師；又自函谷關、大谷、廣城、伊闕、轘轅、旋門、孟津、小平津等各京都關口，設置都尉駐防；下詔各地嚴防，命各州郡準備作戰、訓練士兵、整點武器、召集義軍。
而皇甫嵩不知得了哪方高人的計謀，也是上諫要求解除黨禁，拿出皇宮錢財及西園良馬贈給軍士，提升士氣。
另一方面又發精兵鎮壓各地亂事：盧植領副將宗員率北軍五校士負責北方戰線，與張角主力周旋。
皇甫嵩及朱儁各領一軍，控制五校、三河騎士及剛募來的精兵勇士共四萬多人，討伐潁川一帶的黃巾軍，朱儁又上表招募下邳的孫堅為佐軍司馬，帶同鄉里少年及募得各商旅和淮水、泗水精兵，共千多人出發與朱儁軍連軍。
而后張曼成攻殺南陽郡守褚貢，響應張角。
那降臨大漢的仙人似乎并沒有預料到局勢的變化。
漢軍在首戰并未得利，于4月，朱儁軍就被黃巾波才所敗而撤退，皇甫嵩唯有與他一起進駐長社防守，被波才率大軍圍城，漢軍人少，士氣低落。
又有那汝南黃巾軍在邵陵打敗太守趙謙，廣陽黃巾軍殺死幽州刺史郭勛及太守劉衛，黃巾軍并未因漢室的動作而有敗退的跡象。
林云見時機成熟，化名林景，作為一位游方道人，加入了曹老板的陣營。
5月，京師見皇甫嵩被圍，派曹操率軍救援，林云隨軍出征。
大軍距離皇甫嵩被困之地還有很遠距離時，林云已然先一步到達。
林云與皇甫嵩商議后定下一計，火攻！
在傍晚時，林云動用太平經中記載的呼風之術吹起大風，而皇甫嵩則命士兵手持火把暗暗出城。
士兵們利用黃巾軍營寨周圍的雜草，用火攻大破敵人，大呼進攻，城上亦舉出火把響應。
皇甫嵩更是以鼓助戰，沖入敵陣，黃巾軍大亂，四處奔走。
又遇上提前被林云告知的曹操援軍，于是乎這支黃巾軍被皇甫嵩、朱儁和曹操三面夾擊，斬殺數萬人，漢軍大勝。
6月，南陽太守秦頡與張曼成戰斗，后斬殺了張曼成。
黃巾軍便改以趙弘為帥，以十多萬人占據宛城。
而皇甫嵩與朱儁軍繼續進擊汝南、陳國的黃巾，追擊波才到陽翟，最后在西華大敗彭脫，余軍想逃到宛城。
但曹操登城先入，眾人蟻附般推進，大破敵軍，成功討平豫州一帶的黃巾軍。