朱翊鈞聽了，臉色嚴肅。申時行接著道：“因此，臣等議論的雖是翰林院興革，但因為事關政事堂的產生以及諸相任免——”
朱翊鈞腰身在御座上挺直了，剛才停筆聽申時行奏對的太子也目光炯炯的看著自己的父皇，聽申時行接著道：“內閣與后來的政事堂之設，類漢唐之尚書省，間隔皇帝與六部，所謂總匯樞機者——我朝翰林學士之任命，乃天子欽點，與外朝會推無干。而所謂“非翰林不入閣”，其本質是將內閣諸相的任命權置于君權之下，此乃祖宗強化君權之法也，此乃‘事關根本’者一。”
朱翊鈞點頭稱是，太子已經聽得呆了，小臉已經皺了起來。申時行接著奏道：“因皇上經筵侍講、東宮侍讀者皆為翰林，所謂‘天子近臣’也，翰林在侍講、侍讀過程中，已經得到了信重，自然在從政后位高權重......此為事關根本者二。”
申時行接著道：“此前翰林最高不過五品，朝廷設立遷轉之階無非兩京國子監、詹事府等職，途徑狹窄。祖宗之意仍是將‘儲相’們多多的考察磋磨，非有大毅力耐心者不得快速晉升，仍為選材之法。如今既然‘宰相起于州郡’，庶吉士、翰林外放仍比三甲進士起步高許多。因此朝廷館選，進士們仍趨之若鶩。”
朱翊鈞點頭道：“先生們議論的是。那改革之策如何？”
申時行定神道：“政事堂以為，此番翰林院改革，有兩個方向，擬請圣裁。”
“一是改翰林院回秘書本職，此后不再館選庶吉士，將翰林院與侍從室合并，改名秘書臺，內設檔案館、蘭臺院、秘書處三個機構，分別負責檔案、典籍整理、詔書制發、調查研究等，為皇上所用的專門秘書機構。”
朱翊鈞聽罷，眉頭微皺，等申時行說第二條。申時行沒看皇帝的表情，只接著奏道：“第二個方向則改動較大，秉承皇上將翰林院‘從禮部獨立出來’并‘復興華夏真道統’的旨意，臣等以為——”
頓了頓并輕咳一聲，他接著回奏道：“可以將翰林院的秘書職能全部剝離到侍從室，廢國子監并改翰林院為太學院，為專門的歷史研究、道統辯處、政策調研、檔案整理、經筵侍講的機構。”
朱翊鈞聽了面色稍霽，聞言點頭道：“從政事堂之設及諸相選拔制度的改革現狀來看，翰林院確實并無保留的必要。侍從室可以改名為侍從處，將詔書制發職能拿到政事堂，侍從處用寶。其余的按剛才奏報的形成詳細方案，征求朝野意見。”
申時行先吃了一驚，隨即心念電轉，低頭回奏道：“是。”
皇帝接著點評道：“變法前翰林學士作為皇帝秘書制詔，根本仍是將皇帝與朝廷對立。設若上下同欲，制詔不過文書工作而已。若上下不同欲，皇帝頒詔只會撕裂朝廷，幸進之徒不免從中取利，煽動紊亂朝綱——太子，此中道理可明白？”
太子將筆放下，束手恭敬答道：“皇兒明白。凡大政之出，必先朝野達成一致方可頒行。”
朱翊鈞臉上露出笑容，贊道：“太子最近長進頗大。”太子小臉漲的通紅，嘴角咧起來壓不住。
朱翊鈞隨即轉向申時行道：“你們提出的第一個方案廟算不遠，若秘書臺立起來，將來不免與政事堂爭權——中興郡王所留下的‘政令混一’之局面不免毀于一旦。你們或覺‘異論相攪’之心可以稱旨，其實是想多了。”