尤其是以六科來做公文審核這一環節，在朝政中極為重要，凡朝廷政令之弊，未發之前六科先糾之，是施政糾錯的重要一環。
雖然六科發展到現在，有“比來皆不聞一言及于軍民利病”、各懷權謀心計、甘當大臣鷹犬等等弊病，但這是體制帶來的人事問題，需從頭慢慢厘清，此際不可操切。
但余懋學上本后，朱翊鈞突然想明白張居正為何穩坐釣魚臺八風不動了，這是要試試他朱翊鈞的成色啊。
張居正的政治表態是，你不是要變法么？你不是要復仁宣之治么？這考驗來了，您看著辦吧。
若此際是原時空，還是李太后和馮保在內廷主政，張居正就會發展出“當國者舍我其誰”之念，這會子早給這李太后這政治盲出主意了。
不過現在換成朱翊鈞，張居正和皇帝之間，不像原時空“吾非相、乃攝也”的政治關系，而是類似于宋神宗和王安石的關系，一個主導內政落實各項改革舉措，一個提出方略并在后方支持。
如此一來，張居正當然要試試皇帝的抗壓能力。以后的改革只會越來越難，最高統治者沒有強大決心、意志，一切都是空談。張居正初期無動于衷，就是看皇帝能給他表個啥樣態度。
想明白這一點，朱翊鈞才知道自己想差了。自己仍按照原時空張居正的主政特點來處理這事兒，竟成了“兩個和尚沒水吃”。如果在王琢玉第一本時就施以雷霆，大伙兒早消停了。
現在想明白也不晚，朱翊鈞當日即下旨，將王琢玉這個起頭的和余懋學這個最高調的，詔獄究問！
在原時空，李太后的代言還是很穩的，回復也很女人——“朕以沖年嗣位，日夕兢兢謹守。祖宗成法惟恐失墜，近年所行不過申明舊章，修舉廢壞，未嘗妄戮一人，過行一事。其于祖宗法度，十未行其一二。何得便謂之操切！”
瞧瞧，像不像剛掌大政的委屈小媳婦？我只不過是把過去的規定申明一下，一個人沒有妄殺，一件過格的事兒沒做。我遵守祖宗法度唯恐不周到，你咋能冤枉我“操切”呢？
后面這段應該是張居正提供的處置手段了：“余懋學職居言責，不思體朝廷勵精圖治之意。乃假借惇大之說邀買人心，陰壞朝政。此必得受贓官富豪賄賂為之游說。似這等亂政奸人，本當依律論治，念系言官，姑從寬。革職為民，永不敘用。”
這段話就剛強的多，搞不好就是張居正給馮保遞的小紙條，原文直接變成圣旨。
在朱翊鈞所處時空，他卻說不出這樣的話來。一方面他已經悄咪咪的改了許多祖宗法度，另一方面，他殺人也有點多，寫不出李太后當年代言的真情實感。
當然，還有一條原因是，朱翊鈞是歷史愛好者而不是明史專家，他不可能知道余懋學，更不可能知道當年李太后和馮保是如何批紅的。
本時空，朱翊鈞經過深思熟慮，作出了一個高屋建瓴的批示，對整個朝廷監察系統都有指導意義。如下：
“太祖言：‘御史臺、提刑按察司等，乃耳目之寄。務能振肅百司，慎選賢良方正之人，以佐朕不逮。’此后列祖列宗，凡御史、六科之選，曰慎曰肅。專設行取，唯賢良方正是舉，最為清流華選。”
“朝廷待之也厚矣！俟有勞績，兩轉而擢京堂，不期月而簡開府，年例則一歲而轉方面，誠重之也。”
“然今之臺諫如何？一者，人各有心，眾各有欲，累牘連章，煩瀆天聽；往日大事不行，小事則否，如今大、小事皆不行矣。若事事都爭而不行，補闕、拾遺何用？”
“二者監察失能。或捕風捉影，或挾私妄訐；或緘默茍容，或顛倒黑白。有明知奸惡，庇護黨類不肯糾參；更有誣陷良善，驅除異己，混淆國事！”
“今之王琢玉、余懋學等輩，徇私黨比，以求直名；賣放朝廷之本章，以報贓官富豪之賄賂。錦衣衛等要著實究問，此輩黨同何人，離間君臣，逞誰之利？”