張居正見了朱翊鈞的批示，心中給朱翊鈞點了贊，知道皇帝終于明白了他的意思，對日后展布改革事也多了些信心。
他的角度和朱翊鈞截然不同，在他內心深處，恨不得把離間君臣、敗壞國事的余懋學給宰了，以為亂政者戒。
然而，作為文官之首，儒學門徒，張居正必須堅持大明朝的政治正確——御史、科道言論自由。
反之作為皇帝的朱翊鈞，心里面是不想抓余懋學的，雖然其心可誅，但制衡之道也在這“可誅之心”上頭，不然的話就把言官的操守看得太高了。
不管皇帝和首輔心里怎么想，令人無語的現實卻是，想殺余懋學的一本本的上奏要保他；想輕輕放過余懋學的，卻派錦衣衛將他從南京抓來，投入北鎮撫司的大牢。政治的吊詭之處，即在于此。
首先被處置的，是“受賄妄言亂政”的王琢玉。錦衣衛拷掠不到兩個時辰，王琢玉就如同竹筒倒豆子一般，把兩淮鹽商重金賄賂，買奏章杯葛曬鹽之法的實情交代了出來。
說實話這是大明的穿越文化還沒生發，王琢玉做夢也想不到朱翊鈞清楚知道以后曬鹽法才是主流。他的想法和全體朝臣差不多，應該是某個希求媚上的中官向皇帝說了曬鹽法之利，皇帝在深宮拍腦袋決策才大興曬鹽。
既然可被言語動之，也會被言語反之。王琢玉在奏章里煞費苦心，說自己訪了老鹽工，“為之哂笑”。心說以皇帝年齡，被人恥笑了還不惱？只要惱了，必派員查看，那時才是上下其手的時候——鹽商所要的，不過是朝廷派出欽差而已。
可惜這價值三千兩的一本，把自己栽了進去。錦衣衛順藤摸瓜，把賄賂御史的鹽商一股腦提溜出來，全部押進京受審。
朱翊鈞行事不像武宗，常有混不吝的時候，不跟朝臣講道理。他最擅長的是后世我軍的破敵要義：全力突破一點，然后以點帶面，接著迂回包圍——偶爾條件成熟了還有中心開花大餐等等。鹽政和京營興革，最能體現他的治政特點。
此次從王琢玉身上打開缺口，還不大挖特挖的話，如何對得起自己身上這身皇帝皮。
鹽政官商勾結，朱翊鈞用腳指頭想，都知道早成痼疾。在鹽政改革即將推出的時候，不把這鹽政官收拾穩當，談何興革。
被捕鹽商哪里受得了被朱翊鈞親自調教、指點過的錦衣衛，沒留任何外傷，北鎮撫司已讓鹽商們求死不能。
鹽商金某交代兩淮鹽司每年私吞余鹽一萬萬多斤，超過兩淮幾十家鹽場正鹽產量的兩倍半——都混在他們鹽商持引銷售的正鹽內一起發賣，沿途鈔關等關節早已被他們盡數打通。
這大雷爆出，讓已成為錦衣衛同知的王通大喜過望，立即密奏朱翊鈞。
這每年一億多斤的余鹽之利，被官、商和沿途地方官盡數瓜分，中央大員以“冰敬、炭敬”方式分利。朱翊鈞雖對大明鹽政**早有所料，但沒想到他們干的如此奔放，命王通繼續秘密深挖。
而后鹽商王貢俞咬出戶部鹽司員外郎等明知兩淮販賣私鹽之事，隱而不報，年收例銀三千五百兩，并有受托請超發鹽引給勛貴之事，王貢俞是新進大學士王國光夾袋中私人，這里面的道道也不用多說。
王通取得供詞，把證據鏈查的基本完整后，就領了密旨，近半數錦衣衛出動，把兩淮都轉鹽運使司衙門和江蘇、安徽、江西、湖北、湖南、河南六省的涉鹽官員，包括戶部鹽司等官吏，幾乎大半抓進了南苑專案營地跟鹽商做伴。