行動雖然做不到后世那般保密，但在錦衣衛近年來嚴酷家法約束下，只跑了應抓官員十幾個——高官也沒有跑的，全數落網。
皇帝指揮錦衣衛的這一雷霆行動，把朝廷內閣以下所有官員全數打懵。為了做到行動的突然性，朱翊鈞除了和張居正密議一次之外，宮內宮外無人得知。
偌大一個兩淮所轄的鹽政官幾乎一掃而空——涉案人數很快超過八百多人。張居正雖然提前知道，但這般規模也大出他意料之外。
他也顧不上營救余懋學來換好名聲了，和吏部開了小會，緊急調派歷年來的巡鹽御史作為欽差，又就近從山東、浙江、南京、北直隸等鹽運司抽調人手，來補空缺，一時間給朱翊鈞擦屁股就忙的他手忙腳亂。
大案剛發時，全國其他鹽運司主官個個嚇得抽風，趕緊往賬上回吐銀子，做假賬的同時還要燒檔案，包括殺人滅口，轉匿財產等事，忙的是面色憔悴，神經兮兮。后來見皇帝沒有擴大打擊面的意思，這才把心暫時放在肚子里。
等張居正和吏部緊急抽調人手到兩淮，他們又個個彈冠相慶——各地鹽運司成立以來，這官員比位置少的情況，還是頭回經歷，個個如在夢中。
為防止兩淮動蕩，朱翊鈞下旨命操江御史何寬和應天巡撫都御史楊成分別帶漕兵二千五百和南京守備兵三千，到杭州扎營，便于就近彈壓。
隨后又緊急起復被罷官的俞大猷為兩淮巡鹽提舉，總理兩淮鹽丁事。負責安撫軍心并操練巡鹽兵丁，并剿滅鬧事鹽梟。
其實，朝廷大張旗鼓，雷霆一擊，各大、小鹽梟除非要反，誰敢做聲？所謂的綠林好漢，粘上毛比猴都精，腦子進多少水才能給這些貪官污吏出頭？個個偃旗息鼓，解散幫眾，自家躲藏好才是正辦。
錦衣衛隨后抽調精干力量，繼續深挖這些官員。朱翊鈞始終在內宮掌著大局，每天要聽一次“專案組”匯報。
他同時命錦衣衛在這些蠹蟲身上多試驗些審訊手段，進行數據分析整理，并盡快形成刑訊教材，大批量培訓錦衣衛的刑訊高手。
到后來，鹽商和官員也說不出新東西，但提供的證詞都能作為佐證，終于給朱翊鈞勾畫出來以兩淮鹽司為核心的完整**網絡，證據鏈條完整，各種旁證齊全。朱翊鈞佯作大怒，將奏報發付廷議，命三法司會審。
等法司會審時，被錦衣衛折磨的靈魂升華，洗心革面的鹽商和官員，個個爭先恐后，你攀我咬，把大理寺眾官驚得目瞪口呆。朱翊鈞主政以來，真正意義上的大案——兩淮余鹽案，就從王琢玉的一本奏章上突破，震動朝野。
......
正可謂一波未平，一波又起，不過這后波因前波而來，直接把王琢玉、余懋學詔獄之事拍的無影無蹤，到了七月末，朝野已無人關心兩人死活。
百官所有精力都放在“兩淮余鹽案”上，四品以上包括御史科道官，每人手中一本活字印刷的《兩淮余鹽案官、商警示錄》，內容觸目驚心。
隨著《警示錄》的散布、傳抄，里面的各種賄賂手段，讓官場新嫩們大開眼界，心向往之。然而想想這么多的雅賄、俗賄、色賄、房地賄、賀喜賄、親仆賄、典當賄、干股賄、借據賄、退休返利賄等等手段，都被拷掠的一干二凈，眾人都愁，如何開發新的賄種。