為了確認藍魔鬼的行蹤，X教授派出暴風女和琴葛蕾博士，前往波士頓進一步調查。但所有人都沒料到，史崔克將軍的特種部隊抓住機會乘虛而入，發動奇襲重創了X學院，不但放走了萬磁王，還逮捕了X學院中的學生并控制住了X教授。
在沖突中，金剛狼與史崔克將軍的交鋒，令金剛狼察覺到史崔克將軍與自己過去的記憶有著千絲萬縷的關系。但是記憶碎片的沖擊卻使金剛狼陷入記憶深處的混亂而失去了戰斗力，直到小淘氣、冰人、和火人趕來相救，才使他得以逃離險境。
但是，自以為躲過一劫的X戰警們卻還沒有意識到，史崔克將軍的真正目標并不是學院中的學生，而是X教授所使用的，可以找到世界上每一個變種人的X主腦！
史崔克將軍的兒子杰森也是一名變種人，并曾在X學院中學習，代號“變種人143”，特有的意識操縱能力與X教授頗有淵源。但是，史崔克將軍的邪惡野心卻妄圖利用自己兒子的超能力操縱X教授，控制X主腦來向世界各地的變種人發動腦波攻擊。
與此同時，金剛狼等人與琴葛蕾博士和暴風女在波士頓匯合，并且成功招募了藍魔鬼，使X戰警的隊伍中又多了一名強有力的成員。
重獲新生的X戰警們來到冰人的家中，準備稍作休整。但是，冰人的家人卻可恥地背叛了自己的孩子，向政府報警而因此引來了軍方的圍堵，甚至連X戰警乘坐的X戰機也被軍機擊落！
就在千鈞一發之際，感受到史崔克威脅的萬磁王在緊要關頭出現，令人意外地出手救下X戰警，并且建議X戰警與自己展開合作，共同對抗變種人共同的敵人--史崔克。
戰斗的過程中琴葛蕾為了拯救同伴被洪水淹沒在了湖底，但是X戰警們也挫敗了史崔克將軍的陰謀。
之后就是2006年美國政府通過復制一個具有可以抑制變種人基因的男孩的細胞研制出了可以使變種人失去能力的藥物，這引起了變種人群體的巨大爭議與恐慌。
萬磁王借此機會四處宣揚美國政府將以此發動滅絕變種人的戰爭而召集各地的變種人加入其變種人兄弟會。
另一方面，X戰警發現了此前犧牲自救拯救眾人的琴格雷，X教授感受到了其體內黑暗人格“黑鳳凰”的異動。
之后琴的力量暴走，X教授帶領X戰警與萬磁王同時找到了琴。X教授決定憑借自己的力量將琴從黑暗人格中拯救出來，卻受到了琴黑暗人格的抵抗而灰飛煙滅，而琴則與萬磁王一起離開。
絕望中的暴風女決定領導逆境中的X戰警并繼續維系變種人學院。金剛狼為了拯救琴深入變種人兄弟會，期間發現了萬磁王意圖，以可以使變種人失去力量的男孩為目標，依靠變種人兄弟會與琴的力量向人類發動戰爭。
為了拯救黑暗中的琴，也為了化解人類與變種人的這場互相滅絕的戰爭，金剛狼召集了X戰警，決定與萬磁王和變種人兄弟會展開一場殊死搏斗。
最后金剛狼萬般無奈之下殺掉了琴。