在城市規劃領域，黑川紀章同樣頗有成就，他的事務所就叫黑川紀章建筑與都市設計事務所，曾經和丹下健三一起參加過東京的城市規劃方案制定，和林樓現在跟著吳委員干的工作差不多，后來又自己主持了菱野新城的規劃。
日后他還接受過中國方面的邀請，為鄭州的鄭東新區制定了規劃方案，黑川紀章為了解決鄭州新城區和老城區的問題，把自己以往的許多理念都應用其中。
在他的規劃中，鄭東新區和老城區并沒有完全分開，而是規劃了一條“西南——東北”向的發展軸，該軸線匯聚了二七紀念塔、省委省政府，市委市政府、城市CBD等主要功能中心，也把貫穿鄭州的金水河、熊耳河連接起來，彌補了新城舊城之間的割裂。
“北京擁有悠久的歷史，特別是老城區，必須要保護起來，但是因此又產生了許多新的問題，老城區位于都市的核心，如果不能進行徹底的現代化改建，那么必然會影響整座城市的交通體系！”他談起了對北京城市規劃的看法。
事實也的確如此，在城市的核心區域，有這么一座不能大規模改造的老城，城市只能向四周擴張，而東南西北四個方向的新城，都要經過舊城才能抵達其它區域，那么必然會引發交通問題，就算建設多個快速環線，也只能越來越堵。
這種情況不只是出現在北京，像西安等和北京情況類似的城市也面臨著同樣的問題，一到上下班高峰期，西安的二環、三環就堵得不行。
接著他又開始說起自己在這一問題上的經驗。“我和丹下老師在制定1961年東京城市規劃方案的時候，并沒有將東京的發展理解為行政區域的擴張，而是將其作為幾個小型城市的復合體、集合體連接在一起！我將這種理念稱之為根莖結構。”
“東京被分為一個個組團，每個組團之間又由線性的干道、高速公路等交通線路連接，局部使用立交橋，增加空間利用率、提升道路通行效率……”
“以前美國也好，歐洲也罷，他們城市的擴張方向總是將人口從市中心向郊區疏散，但是人們每天上班，依舊需要從郊區到市中心聚集，下班的時候又從市中心到郊區，不僅增加了居民的通勤時間，也沒有達到疏散交通的目的！”這就是所謂的攤大餅式發展了。
而根據黑川紀章的根莖結構理論，城市將分為不同片區組團，這些組團只見相互獨立，居民在這里生活，也在這里居住，在組團內部就可以解決工作、生活、購物、休閑等問題，除了一些特殊活動，并不需要前往其他組團。
這樣的話，組團與組團之間的交通問題就從根源上解決了，不用每天都在組團之間來回穿梭的話，就等于減少了跨區域的交通需求，需求減少了，交通擁堵自然同時減少。
這看起來的確要比攤大餅式的發展好，然而在實際操作中卻有很多值得商榷的地方；大都市的住房總是很緊張的，你怎么保證你能在自己居住的片區組團買到想要的房子？
一般來講，在大城市里，越靠近郊區的房子越便宜，老城區的房子則會更貴，新進入城市的居民只能買得起郊區的房子，這樣的話，新居民往往就沒辦法買到本組團內部的房子，他們依舊需要進行漫長的跨組團通勤。
就算運氣好能買到，換工作了怎么辦？或者公司搬遷了怎么辦？原本上班只需要半小時，現在公司搬到另一個組團片區，中間還隔著好幾個其它片區呢，這下又得進行跨區域通勤了。
所以日后的東京依舊擁堵，尤其是地鐵線，每到高峰期總是擠得不行，在外面衍生出了一項新職業，幫忙把擠地鐵的人推上車以換取少量的報酬，而在車里面，則擠得跟沙丁魚罐頭一樣。
這一幕，林樓在許多日本女藝術家的作品里都看過，并且給他留下了相當深刻的印象，這些影片也可以證明，黑川紀章和丹下健三當年的規劃并沒有解決這些問題。