反賊將領們還可以做出投降的舉動，他們雖然是領兵將領，投降了卻未必沒有活路，但有些人是真的心慌萬分，連投降都不敢。比如前南京兵部尚書傅振尚，吏部尚書熊明遇，以及隆平侯張拱日等勛貴們。
當初為了掃清內城阻力，防止生亂，袁崇煥以協守外城為名，把南京六部官員以及一眾勛貴都趕出了內城，命他們分守外城各處城門。而隨著反賊大軍進入外城，這些高官勛貴大都選擇了投降反賊，而少數不愿投降的如鄭三俊選擇了自殺殉國。
原本想著投靠江西保住權勢爵位，現在則一切都成了空。
袁崇煥走的時候帶走了一些人，比如錢謙益，但對這些勛貴和大部分沒用的官員，袁崇煥沒空理會。現在反賊敗亡已成定局，想想被皇帝抓住會落得什么下場，這些人恐懼的渾身發抖。
當知道袁崇煥逃走的消息時，這些人不約而同做出了逃離南京的舉動。但他們這些人并非反賊核心，知道消息太晚，等到逃走時才發現，整個外城城門皆已被禁衛軍占領，根本已經無路可逃，只能選擇脫掉官服換上便衣，試圖隱身在南京民間，好躲過禁衛軍的搜捕。主動出來投降，他們根本不敢
朱由檢及一應禁衛軍高層當然沒時間理會這些叛徒，當得知袁崇煥逃走，外城賊軍紛紛投降的消息，上自朱由檢下到洪承疇袁可立，都松了一口氣，知道大勢已定！
“恭喜陛下，徹底擊潰反賊收復南京城。”洪承疇袁可立等臣齊聲向朱由檢道。
“上有列祖列宗保佑，下賴諸卿嘔心瀝血，方才平定了反賊奪回南京城，此戰皆諸卿眾將士之功也！”朱由檢滿面春風道。
打贏了這場仗，局勢才終于算是轉危為安，朱由檢心情很輕松。
在此之前，大明南方的局勢真的是岌岌可危。湖廣反叛，浙江福建蠢蠢欲動，廣東也出現了大股百姓起義，整個長江以南可以說處處烽火。若是局勢拖延下去，各省反賊聯合起來，會非常的麻煩，禁衛軍很大概率會被趕離江南。然而河南大亂尚未平定，失去了江南各省的錢糧支持，連年災旱殘破的北方，根本就供養不起龐大的禁衛軍。到時大明將走向何處真的為未可知。
而現在，隨著袁崇煥棄城而逃，隨著整個外城被拿下，局勢可以說完全緩和下來。
袁崇煥并沒有帶走多少軍隊，江西二十萬大軍陷在了南京城中，即便袁崇煥能逃回江西，沒兵沒將也翻不起多少浪花，平定江西也只是早晚的事。
谷現在雖然湖廣叛亂，雖然浙江福建各省處處烽火，但只要南京之戰的結果傳去，各地叛軍必然會慌亂無比軍心大亂。而沒有叛亂的地區，那些士紳官員們必然不敢再生亂。
可以說，整個江南的局勢，算是穩定了下來。朱由檢再也不用像以前那樣擔憂，再也不用整夜睡不著。
“諸卿，接下來該怎么做？”朱由檢問道。
“陛下，南京外城被反賊肆虐多日，百姓們痛苦不堪。眼下咱們首先要做的是穩定人心，清除叛逆，先把南京城徹底清掃干凈。”洪承疇建議道。
南京是大明京城，地位非常重要，現在既然完全掌控了南京，自然要趁機改造一番。
朱由檢點點頭，明白洪承疇的意思，是時候進行清算了。
“傳朕的旨意，禁衛軍出動，控制住外城各個街坊，禁止打砸搶現象發生。凡禁衛軍將士以及農兵們，敢違抗著一律軍法論處！而那些地痞反賊殘兵，一旦發現其作惡，皆當場斬殺！
再發一道安民告示，告訴全城百姓，戰斗已經結束了，大家的生活很快會恢復正常，讓大家都不用再驚慌。”
“南京廝殺月余，城內物質非常短缺，據聞很多百姓連做飯的柴禾都沒有，只能拆了門板家具點火做飯。至于各種物資，更是短缺無比。要想穩定民心，當務之急便是迅速從各府調集物資供應南京。”袁可立建議道。
“袁大人說的是，但是眼下太平廣德等府尚未恢復，只能從江東四府或者江北諸府調集物資。”洪承疇道。
“那就從江東江北調，要盡快恢復南京百姓的生活。”朱由檢當機立斷道。