朱由檢對待士紳們的態度，讓朝中文官們隱隱不安。在朝為官，歸鄉為紳，對很多文官來說，便是不做官，回鄉以后過得也非常舒服，因為他們有士紳的身份，老家有大量的田地奴仆。而現在，朱由檢在各地施行均田釋奴，那意味著他們將來致仕歸鄉后，無法再過人上人的日子，這讓他們如何能忍受？
發動政變造反，這些文官們是不敢的。因為他們手中沒有軍隊，北京城內的軍隊掌握在后軍都督定遼侯曹文詔的手里。說動曹文詔造反？根本不可能。因為禁衛軍只忠于皇帝一人，并非誰的私兵。若是曹文詔敢亂動，其手下將領官兵會造他的反，拿他人頭去向皇帝請賞。
曹文詔指望不上，北京城剩下的勛貴都早被嚇破了膽，更加無法指望，再加上遍布全城的錦衣衛組織，想政變造反根本不可能。
面對強權皇帝，文官們能做的非常有限。只能通過朝堂手段反對而已。
江南籍出身官員相互串聯，聯合朝中其他官員，共同向內閣請命，逼迫內閣起來反對皇帝的亂命。形勢到了現在，不僅是籍貫江南的官員，籍貫其他省份的官員也都人心惶惶，現在皇帝只是在江南進行均田，他日便會在其他省份進行。
迫于朝中群情洶涌的情形，內閣不得不召集朝中重臣，共同商議如何應對此事。
“事情便是這樣一個事情，大家暢所欲言，都說說該怎么辦吧？”首輔黃立極長嘆口氣，對眾人道。
參加會議有內閣大學士孫承宗、周延儒，還有六部尚書，其中兵部尚書洪承疇不在朝中，便有兵部左侍郎李邦華代替出席，而李邦華便是此次事件的主角之一，另外有督察院左都御史曹思誠，因為事關重大，六科都給事中也列席會議。六科給事中雖然只是七品官員，但權力很大，負責監督六部，他們聯合起來也有封駁圣旨之權。
聽了黃立極的話，內閣及六部重臣們皆沉默無言。吏科都給事中章允儒率先站了出來，對眾人道：
“諸位大人南京六部論地位和北京六部等同，六部尚書何等重要，豈是什么人都能擔任？那宋應星不過是一舉人，連進士功名都沒有，蒙陛下賞識才得以擔任翰林待詔之職，在科學院為教授，論功名論資歷他如何能擔任南京工部尚書？還有錦衣衛都督田爾耕，乃是一介武臣，如何能擔任南京刑部尚書這樣的文官職位，更是荒謬至極，下官請諸位閣老共同向陛下上書，請陛下收回這道亂命。”
“章科長所言甚是，諸位大人，自從大明開國以來，哪有武臣充任六部尚書的道理，若是任由這種情況發生，我等文官尊嚴何在？天下讀書人尊嚴何在？”刑科都給事中毛士龍也站了出來，對眾人道。
“兩位閣老怎么看？”黃立極看向了孫承宗和周延儒。
孫承宗面無表情，一言不發，內心卻非常痛苦。按道理說，孫承宗是東林一員，應該為江南士紳發聲，而皇帝做的也著實不妥。可是皇帝畢竟是皇帝，群臣們若是群起抵制皇帝的話又成什么樣子？
和其他文官不同，孫承宗其實對朱由檢很敬仰的，因為朱由檢平定了遼東，結束了持續二十年代建奴之亂，又為大明奪回了河套，赫赫武功堪比成祖！
而且，孫承宗覺得，朱由檢施行的均田之制雖然損害了士紳們的利益，但對大明未必沒有好處
“我同意。”看排位在自己前面的孫承宗沒有出聲的意思，周延儒便站了出來，表明自己的態度。
“陛下此次任命南京六部官員沒有經過部議，已經不合規矩，又所任非人，不成體統，咱們不能任由陛下妄為，當力諫之。”
“孫閣老，你怎么看？”聽了周延儒的話，黃立極又看向孫承宗，非要逼著孫承宗表態。
“我年邁體弱，深感時日無多，早就想歸隱林泉，含飴弄孫，享受天倫”孫承宗緩緩道。辭官還鄉，不再忍受折磨，深思之后，孫承宗終于做出選擇。
“孫閣老以辭官抗議陛下亂命，實乃我等楷模。”章允儒叫道。
“孫閣老不必如此。”黃立極有些羨慕的看了孫承宗一眼，出口挽留道。孫承宗年過七旬，可以想走就走，他這個首輔卻不成。
“我辭官并非抗議陛下亂命，而只是因為年老體弱，僅此而已，諸位大人不要胡亂解讀。”孫承宗面無表情道。
孫承宗都說出了辭官，黃立極知道無法再逼他表態，便看向了六部尚書們。
“我支持向陛下諫言請陛下收回成命。”吏部尚書王永光道。
“我也支持。”禮部尚書楊景臣跟著道。