返回威遠堡的第二天，三邊總督孫傳庭帶著八千禁衛軍趕到威遠堡，以敗軍需要休整為名，接管了威遠堡整個防御，把出征的敗軍趕到了軍營中。
然后孫傳庭下令，召集所有將領議事，而議事剛剛開始，就下令把參加議事的將領全部控制起來。
“督帥，是下官無能，不關將士們的事，下官愿向朝廷領罪。”侯恂驚得站了起來，連忙叫道。
孫傳庭冷冷一笑：“侯巡撫，你身為大軍統帥，統帥五萬大軍出征黑山，卻三路大軍盡沒，自然也逃脫不了朝廷懲處，本官自會上疏朝廷彈劾與你。來人，帶侯巡撫下去休息。”
孫傳庭身為三邊總督，有權處置任何一個將領，但侯恂卻是三品文官，不在孫傳庭處置范圍。
“孫總督，是流賊狡詐，竟然火燒草原，非戰之罪啊！”左良玉驚恐大叫道。
孫傳庭厭惡的道：“爾等身為統兵將領，應該熟讀兵書，竟然中了低劣的火攻之計，真乃廢物，還有什么可說的！”
白安、虎大威等人垂頭喪氣，卻沒人敢反抗，任由禁衛軍士兵押了下去。此刻的大明并非另一個時空的崇禎末年，雖然有軍閥出現的苗頭，但將領們卻還沒有那么跋扈，沒有人敢反抗朝廷派來的總督，而且是帶著八千大軍到來的總督。
侯恂回到了住處，越想越感到窩囊，他到現在都無法接受，五萬大軍對付數萬流賊，竟然敗的如此古怪。而更讓他無法接受的是孫傳庭的態度。明明此仗是孫傳庭堅持要打，出兵的軍隊將領是孫傳庭決定，而三路出兵的策略也是孫傳庭制定，戰敗的責任卻全要自己來抗，這是何道理？
越想越不舒服，侯恂當即秉燭寫信，他要上疏朝廷言明此戰真相，同時要向朝中同黨求援。若是此戰責任全部由自己承擔，定然會被罷官下獄，這是侯恂所不能接受的。
身為巡撫，封疆大吏，侯恂自有權力上疏，便是孫傳庭也無法阻止。
此刻，孫傳庭卻沒工夫理會侯恂。
三路大軍敗退，雖然侯恂負責統兵，但自己這個三邊總督也脫不了干系。所以必須迅速鎮壓了黑山流賊，才能消弭朝堂上對自己的討伐聲，接下來才能按照計劃改編整個三邊軍隊。
大量的哨騎被派出，很快便探出了黑山賊的蹤跡，孫傳庭吃驚的發現，黑山賊竟然大舉出動攻向了榆林，目前正和張世澤對峙在鎮羌堡。
侯恂率領三路大軍出征以后，為了以防萬一，孫傳庭命令張世澤率領延綏禁衛軍北上。其中五千禁衛來到大同，聽從孫傳庭指揮，張世澤自帶七千軍隊駐扎在榆林衛。遼西的事情初定之后，考慮到要對三邊軍鎮進行改制，張世澤便被調回了延安，從延綏出征的一萬多延綏兵也跟著回到了陜北。