南京城一片狂熱之下，亦不乏清流。
這股清流以南京中下級官員及北來官員為主，他們的代表人物是吏科都給事中章正宸、兵科給事中陳子龍、翰林學士陳名夏、工科給事中于允中等。
在過往有關國策到底是“聯虜平寇”還是“聯寇抗虜”，章正宸、陳名夏等與當政諸公進行了激烈的爭執，又由于他們的官位相對都不高，所以被朝堂稱為“小臣派”。
這個“小臣派”成員也比較復雜，南逃官員有之，東林黨人也有之，復社、幾社等江南新興社團成員也有，甚至還有一些是從江北“賊區”被釋放回來的官員。
對應的，以東林黨人為主的朝廷重臣們則被世人稱為“大臣派”。
弘光皇帝乃潞王遠藩承繼大統，起初東林黨對這位潞王擁立也不甚積極，后來因為北兵保了潞王到了南京這才被迫開門迎立潞王，但此后朝堂依舊被以史可法為首的東林黨勢力掌控，而弘光為了朝廷的穩定性也不得不依賴于東南極有影響力的東林黨。
但出于某些特殊原因，亦或帝王心術，好佛的弘光帝支持了“小臣派”的聯寇抗虜主張，后來更是在“小臣派”掀起的輿論大潮中以督兵名義將史可法攆出了朝堂。
史可法出外也是“小臣派”取得的一次重大政治勝利，史可法的出外也讓其一直主張的“聯虜平寇”主張被擱置，隨后北方形勢大變，北京的滿洲朝廷都叫流寇一鍋端了，“聯虜平寇”自是無人再提。
然而，以滿洲英親王阿濟格為首的清軍余部向大明乞和，讓差不多已蒙灰塵的“聯虜平寇”再次被端到了臺面上。
自與阿濟格使者密商之后，史可法及湖廣總督何騰蛟、湖北巡撫章曠、偏沅巡撫傅上瑞等“一線”督撫便不斷上書朝廷，請求收編合營滿洲兵，供給錢糧，以為大明北伐先驅，“化不利為有利”。
為了讓朝廷同意收編清軍，湖廣總督何騰蛟更是夸大北方戰報，稱順軍已今非昔比，足有百萬大軍，內中精兵強將如云，并且順賊新的首領、原淮賊陸文宗不日就將在北京登基，屆時百萬順軍便將大舉南下攻打大明。
因此，大明的形勢已經到了最危險的時候，若朝廷不收編阿濟格部，則恐該部迫于順軍壓力轉而降順，屆時必為順賊南侵先鋒。面對近二十萬原清軍南下，大明如何抗爭？
遠在安慶的史可法也上疏闡明必須納降清軍的意義。
疏中道：“先帝以圣明之主，遘變非常，即梟逆闖之頭，不足紓宗社臣民之恨。是目前最急者，莫逾于辦寇矣。然以我之全力用之寇，而從旁有牽我者，則我之力分；以寇之全力用之我，而從旁有助我者，則寇之勢弱”
史可法的意思很清楚，若不納阿濟格、吳三桂，則二人必為順軍禍害大明。
若朝廷不計從前，誠意收編，則立時便得二十萬精兵，只要供給些錢糧就能使這二十萬大軍為大明出力殺賊，為先帝報仇，有何不可？
“予以義名，因其順勢，先國仇之大，而特宥前辜；借兵力之強，而盡殲丑類，亦今日不得不然之著數也！”
為了讓朝廷不要再磨磨蹭蹭，速定此事，史可法疏中更是直言“流寇即將南下，未見廟堂之上議定遣何官，用何敕，辦何銀幣，派何從人對敵？”
更是痛斥朝中小臣清流，道：“本朝所重者皇上之封疆，所輕者先帝之仇恥，既示我弱，益長虜驕，不益嘆中國之無人，而北伐之無望邪！伏乞敕下兵部，會集廷臣，既定應遣文武之人速往滿營宣旨，應給若干廩費，一并料理完備。”