當然，一旦開府建衙成功之后，朱慈烺在后續的很多事物上也需要讓渡權力，因此本身也屬于一個博弈的過程，好在針對這件事上，吳襄給與了相當大的支持，他同意成為新的太子都督府中軍都督，意味著將京營的統帥權讓了出來。
除了吳襄進入太子都督府之外，勛貴當中的英國公張世澤、武定侯徐錫登也分別擔任都督府左軍都督和右軍都督，而新樂侯劉文炳則正式接管京營兵權，完成了相對比較順利的交權過程。
只有剛來的路振飛有些疑慮，他低聲道：“千歲，開府一事是不是要同陛下稟告一番？”
“路總督還請放心，在我臨行前的時候，已經得到了陛下的同意，并且賞賜了我一把天子劍。”
朱慈烺再一次派人拿出了崇禎賜下的天子劍，恭敬道：“父皇賜予此劍給我，便是為了讓我能夠在山東平叛安民，開府建衙正在此時。”
“既然如此，臣自當領命。”
路振飛心中再無疑慮，他老老實實交出了自己手中的三萬兩淮銳卒，當然朱慈烺也沒有虧待他，讓他成為了太子都督府中的前軍都督。
眼看著中軍都督、前軍都督、左軍都督和右軍都督都已經有了人選，朱慈烺也就放下心來，他設立的這些都督職位本身都是一個地位比較崇高的幌子而已，本身并沒有多少權力，不過他也跟吳襄和路振飛等人談妥了，等到山東之后，就讓他們由軍轉政，并不會有損他們的權力。
在處理完了這一件堪稱最麻煩的事情后，朱慈烺很快就將自己先前準備好的計劃公布了出來，即新的太子都督府將會作為全軍的最高指揮衙門，并且具備征兵、練兵、治兵以及調兵的所有權力，當然大都督一職由朱慈烺自己兼任。
之所以將這么多的權力都賦予太子都督府，原因就在于朱慈烺要集權，絕不能讓南京兵部對自己的權力有任何的影響，而且通過將所有權力一把抓的形式，可以做到更快的反應，在處理事情上更加方便。
因此，在如今的太子都督府下設立有多個部門，包括總參謀部、總作戰部、總兵役部、總裝備部、總后勤部以及總軍法部等，這些部門的權力將會直接涵蓋到太子都督府下屬軍隊，全面接受太子都督府的節制。
實際上，對于這一點軍中那些有實權的將領們，特別是像吳三桂他們，原本都掌握了軍中的所有權力，眼下要求他們接受太子都督府的節制，心中自然不愿意。
朱慈烺也不愿意在這個關鍵時候搞得太過火，因此他將目前的軍隊一分為二，一部分為太子都督府直屬軍隊，比如像原本的京營、北伐營、勇衛營一部，還有眼下路振飛帶來的三萬兩淮銳卒，加起來零零散散有六萬余人。
至于另一部分便是原本的關寧軍，繼續由吳三桂統領，只是單純聽從太子都督府作戰部的命令，其余事物均由吳三桂自行處理。不過由于關寧軍相對精銳，因此戰力基本上同目前的太子都督府下屬六萬軍隊差不多。
在太子都督府建衙成功之后，朱慈烺也就很快開始了第二步，即從目前的這六萬軍隊當中，選拔一部分年輕且具備戰斗力的士兵，成為太子幼軍的一員，使他們成為朱慈烺能夠直接掌控的軍隊力量。