楊妙真宣布明教與軍隊分離之后，柯豪、陸冠英等七俠派出身的高層第一時間退教，于是便沒有跟隨楊妙真同上華山。
如今明教高層返回之后，軍隊已經重新編列，七位舵主各領一軍。有人手下原本有兩三萬大軍，如今卻只有一萬，自然有所不滿，不過有的舵主原本部下不過數千，反而占了便宜，對此卻極為支持。
如此一來不滿的三位舵主也不好多說什么。
柯崇云知他們心有不滿，為了安撫，便告訴他們，雖然他們幾位舵主所帥人馬一樣多，但在官職上會讓他們更高一些。
在柯鎮惡的建議下，柯崇云將軍中武官分為三等，既將、校、尉，每一等又分上、中、少三品，共九品，正好對應文官的九品，比之南宋武將五十三等精簡了無數倍。
而對應軍的正職長官本來為少將或中將，但大軍初步整編，各職位本來以低品就任，也就是說，這二十個軍的軍長都應該是少將軍銜，但是為了補償三位軍隊削減了的舵主，所以直接讓他們擔任軍長。
于是七位舵主便不再有異議了。
此刻柯崇云帶著一眾將領巡視軍營，便是讓各軍軍長挑選部曲。
除了柯豪的禁衛軍外，其余十九軍的實力基本均衡，各軍軍長所謂的挑選，也不過是個過場而已，其實軍隊中底層的將領早已經到位了，各軍長履任之后些許的人事微調，只要不是太過分，其實影響不大。
等各軍長熟悉了自己的部曲，這次部隊改編便算是完成了。
二十支新軍，加上北方孟珙統領的七萬大軍、襄陽一帶兩萬余守軍、哲別揮下一萬蒙古騎兵、郭靖手下一萬青海騎兵、關中的四萬守軍，以及駐守江淮的三萬教兵，登州的近萬水師，柯崇云揮下的正規軍共計四十萬。
等登基大典之后，開封城外的這二十萬新軍也會分別調往四方。
柯鎮惡見兒子將軍務處理的井井有條，心中頗為滿意，便沒有過去打擾。
到了晚上，柯崇云從軍營返回城中，知道柯鎮惡已經到了，忙又尋來拜見。
柯鎮惡道：“我看你軍隊安排得頗為周到，文官這邊又是如何安排的？”
柯崇云道：“按照爹你以前的提點，孩兒覺得有些地方尚有疑慮，與大伙商議之后，做了一些調整。我已經定下了大體方略，軍政分離，這是第一條，等登基之后，我會建立軍機處，以大將軍統領三軍；再設立行政院統管全國政務，以宰相統籌全局；其后便是大理寺，主管律法和審判，以大理寺卿為首；再設御史臺，監察天下官員，收集百姓輿情，主官為御使中丞。”
柯鎮惡點了點頭，道：“沒有三省六部和內閣么？”
柯崇云道：“三省就不必了，六部設在行政院下，至于內閣，我是想在四大主官之外再增加兩三人，如此商議一些大事，就不必專設了。”
柯鎮惡不置可否，又問道：“既然軍機處與行政院并列，那兵部管什么？”
柯崇云道：“兵部主管軍中錢糧軍械，軍政分離后，兵部便不需要再參贊軍務，只要溝通好錢糧便可！”
柯鎮惡道：“不如取消兵部，由軍機處直接從行政院溝通錢糧，每年固定從財政調撥一定比列的錢糧，由軍機處自行分派。或者軍機處自行從各地籌集糧草。”
柯崇云道：“若如此，怕是三代之后便會出現唐時藩鎮割據的局面。”
柯鎮惡搖頭道：“你沒有明白我的意思，軍機處既然獨立在行政院之外，那么它便不單單是一個討論作戰的地方，軍隊官員的升降，錢糧的支取、軍法的執行都要包含其中，否則幾代之后，文武對立，軍隊必然受到遏制。”