而明教也分成了兩部分，少數的上層僧侶依托于佛道而生存，因為宋朝信奉道教的緣故，他們就稱摩尼是老子的學生，因此作為道教的附庸獲得了宋朝的許可與包容。
但大部分的明教徒融入了民間，并逐漸與下層民眾的反抗活動結合在一起發揮其追求光明，發揮其追求光明，善良，簡樸，友愛的道德觀念，并宣稱光明必將戰勝黑暗。
同時，這一宗教還扎根民間，關心民生疾苦，扶危濟困。凡是信仰明教的人吃菜不吃肉，教徒之間某人有事則會相互幫助，甚至還會修橋鋪路，并在信中遇到官司糾紛時提供幫助。
這一時代的明教已經不像摩尼教那樣悲觀，激進，并基本本土化。同時在偶像崇拜，祭品，葬禮等方面都盡力向佛教和道教靠攏。
可惜的是，因為這一宗教崇尚光明的教育和在民間巨大的聲望被當時的統治者和士大夫，僧人，道士所不容。他們污蔑明教為魔教，吃菜事魔加以嚴酷鎮壓。
這么一來，部分教徒就開始走向激進化，比如說方臘起義。再比如南宋時期各種各樣的起義，而當時間到了元朝末年的時候，紅巾軍大起義中更是充滿了明教信徒。
比如說紅巾軍的口號就是白蓮花開，明王出世，彌勒降生。同時起義頭領韓林兒就自命為小明王。至于紅巾軍用來做標識的紅巾，實際上就是二百多年前方臘起事時所用過的。
甚至最后建立了明朝的朱元璋就曾經是一位明教徒，不過為了爭取江南地區士大夫的支持，他背叛了自己曾經的信仰和忠誠，比如說在對張士誠檄文中就明確拋棄了白蓮教和明教。
除此之外，他還在派遣廖永忠接應小明王韓林兒來應天的時候，在瓜洲渡故意將船鑿沉韓林兒沉江而死。
不過即便如此，因為手下大部分都是紅巾軍和明教中人，朱元璋為了迎合民眾對明王出世的殷切盼望，選擇將大明定為國號。
這個名字一方面表示了自己繼承了小明王的合法地位，另一方面則表示明王已經出世，防止后來者利用明教來反對明朝。
而且在明朝建立之后，除了大明這個國號以外，明教的一切都被禁止，按照《大明律》的記載，凡是傳播明教者要被判處絞刑，從犯杖100，流3000里。
所以從那以后，這個宗教被全面的禁絕，甚至后來的官方文獻中幾乎找不到任何和明教有關的記載。
但這并不代表這一極有生命力的民間宗教消失了，因為在梁恩找到的這些碎片中除了之前那個和明教有關的教義以外，還找到了一片刻著年號的石塊碎片：龍鳳一百四十二年。
龍鳳是當年小明王韓林兒的年號，但終止于龍鳳十二年。如果按照單純的時間來算，所謂的龍鳳一百四十二年該就是明孝宗弘治十年，公元1497年。
“從現在找到的這些線索來看，這個地方應該是一處隱秘的明教寺院。”把這幾片至關重要的石碑碎片上的文字綜合在一起后，梁恩向在邊上好奇的看著他工作的同伴們說道。
“只不過他們最終還是被發現，并在一場戰斗后徹底的覆滅了，只剩下咱們看見的這一片位于山峰之上的殘骸。”