崇禎朝，他雙親去世，守制期滿，正好碰上東林被再次清洗，浙黨、齊黨重張大權，很快，他便起復為順天府丞，進而擢升為光祿正卿，客觀來說，他資歷是足夠出任六部尚書了，但是職位卻不夠，如果按正常升遷流程，他想爬上六部尚書的高位，起碼還要熬六年。
但是，有昔日的閹黨兄弟浙黨提攜，這六年就不用等了，工部尚書的位置早已給他預定，只是溫體仁一直沒有找到干翻畢懋良的借口，貿貿然把他提上來與畢懋良角逐，溫體仁很怕崇禎會選擇能力、資歷和職位都比張至發要強的畢懋良，所以，工部尚書這個位置一直空著。
這下機會終于來了，崇禎已經首肯，要清洗張斌黨羽，溫體仁立馬借機將畢懋良牽連進去，畢懋康這會兒是福建承宣布政使司左布政使，妥妥的張斌黨羽，作為他的親大哥，畢懋良難道不是張斌的黨羽嗎？
就算他不是也得是啊！
他一通讒言說出來，崇禎終于點頭，擼了！
于是乎，畢懋良很快就接都了這份勒令其告老還鄉的京察通報。
溫體仁不知道，他歪打正著，畢懋良還真是張斌一黨。
畢懋良接到京察通報頓時心灰意冷，他沒跟任何人說，徑直辭官而去，因為這年老的評定一般都要經過皇上點頭才能寫上去，既然寫在通告上就證明，是皇上認為自己年老昏聵，不能任仕，那還有什么好申辯的，說再多也是自取其辱而已。
畢懋良致仕只是開始，第二天，遠在大名府的盧象升也收到了京察通報，評定其守平、政長、才平、年平，擬降職留用，免其總督宣大、山西軍務之職，降為大名巡撫，只負責大名、廣平、順德三府軍務。
這還是崇禎看盧象升在懷慶府大破反賊，戰功赫赫，不忍直接把他擼了，要不然，他也會被無情的清洗掉。
盧象升收到京察通報簡直不敢相信自己的眼睛，他舍生忘死，好不容易擊潰了二十多萬反賊主力，不升職就算了，竟然還降職！
他這還算是輕的了，第三天，遠在陜西的孫傳庭便收到八百里加急傳送的京察通報，評定其守平、政短、才平、年平，擬免除其三邊總督之職，讓他立刻回京城自辨！
孫傳庭這個憤懣啊，他才剛把秦軍操練的有模有樣，就被罷免了，說他政績差，總要他有機會率軍去獲取政績啊！
這還不是最重要的，最重要的是，他這一走，五萬秦軍吃什么，雖說他已經在張斌的協助下在無定河和黃河沿岸開荒種地，收獲了一季蕃薯和馬鈴薯，但那也只夠五萬大軍吃一個來月的啊，他還準備在明年繼續開荒種地，擴大蕃薯和馬鈴薯的產量呢，這下全完了，如果沒有東盛堂的糧草支援，五萬秦軍甚至連這個年都過不去，因為到了十二月，他們就沒東西吃了啊！
他知道，這是有人在背地里弄他和張斌呢，這一回京城，不罷職削籍就算不錯了，想再回來當三邊總督基本上是不可能的了，五萬秦軍啊，還未出動一兵一卒，就這么毀了，他真想不明白是為什么。
崇禎其實不為什么，就因為他是從福廣出來的官員，為削弱張斌的勢力，他這個總督，必須撤掉，他手下可有五萬大軍，一旦張斌圖謀不軌，他就是天大的威脅，崇禎怎么可能讓他繼續在三邊總督的位置上待下去。