袁崇煥一面堅壁清野，一面讓同知程維楧盤查奸細，通判金啟倧守護糧草，并傳檄給前屯守將趙率教、山海守將楊麒，如果寧遠城守軍有人逃到他們那里，可全部斬殺！
努爾哈赤勸降無果后立刻率軍大舉進攻寧遠城，并讓士兵舉著盾牌攻鑿城墻，而袁崇煥讓羅立等人指揮西洋巨炮，炮轟后金軍，后金軍在巨炮的攻擊下潰不成軍，連續攻城兩天，損失慘重，努爾哈赤不得不下令退兵。
傳聞，在此戰中，努爾哈赤因坐騎中炮，跌落馬下，留下了暗疾，回去之后，不到幾個月時間便不治身亡了。
袁崇煥率不到兩萬守軍創造了一個奇跡，他們竟然將六萬后金精銳和十余萬蒙漢協從軍組成的聯軍給擊退了，還殲敵數千人，這是大明與建奴開戰以來首次取得如此驚人的大勝，消息傳回京城，滿朝上下無不歡欣鼓舞，建奴幾乎不敗的神話終于打破了，他們仿佛看到了收復遼東的希望。
魏忠賢這會兒想的卻不是怎么收復遼東，而是怎么把自己的親族提拔起來，光宗耀祖！
寧遠大捷，來的正是時候，他將所有親族全部寫進了遼東軍將領名單，就連只有一兩歲，還在喝奶的嬰兒都被他寫成了領兵將領！
這一戰，魏忠賢并沒有出力，他甚至讓高第下令遼東所有軍民撤回關內，省得麻煩，袁崇煥抗命不尊，不肯率軍民撤回關內，正是違抗了他的命令，但是，袁崇煥取得大捷之后，所有功勞卻成了他提拔親族的工具！
他的親族幾乎全部因寧遠大捷的軍功加封正一品的五軍都督府都督，他的族侄魏良卿進封肅寧侯，他的族侄魏良棟進封東安侯，他的族孫魏鵬翼等全部因軍功進封伯爵！
而真正率軍取得大勝的袁崇煥卻只是進了一個小品階，他原本就是從五品的寧前兵備僉事，立此大功卻只是加了個五品的都察院右僉都御史！
如此濫用國器，搶奪軍功，大封親族，直接令遼東將士心寒不已，袁崇煥更是氣得差點沒噴出血來！
天啟七年五月，皇太極率十余萬大軍再次來襲，他率兵直抵錦州，將其包圍。
錦州守將趙率教與紀用一方面閉城堅守，一方面派人向寧遠求援，袁崇煥手中本來就沒有多少兵力他還是讓讓尤世祿和祖大壽率領精銳騎兵四千繞到建奴大軍后面騷擾，又派出水軍從東面進行牽制，并請求薊鎮等地發兵東護山海關。
皇太極久攻錦州不下，又分兵來攻寧遠，袁崇煥與劉應坤、畢自肅率將士登上城樓防守，在濠溝內排列陣營，用炮遠距離轟擊。而滿桂、尤世祿、祖大壽也率軍在城外與建奴激戰，雙方死亡都相當慘重，連大將滿桂都中箭負傷，袁崇煥更是渾身浴血，死戰不退。
皇太極見寧遠不可下，只得從寧遠撤兵去加強錦州的攻勢，但是，仍舊無法攻克錦州，他率軍進攻了將近一個月，不但一座城池都沒拿下來，還傷亡慘重，無奈之下，他只有率軍撤退，袁崇煥再次率軍擊敗建奴，取得大捷。
寧錦大捷后，魏忠賢再次搶奪軍功，他自己連遼東都沒去過，卻因軍功進封一等公爵，他的侄子魏良卿連遼東在哪里都不知道，也因軍功進封太師、肅寧公，他的侄孫魏鵬翼還是個嬰兒，也因軍功進封太子太保、安平侯，而袁崇煥卻因不聽他的命令，被他指使黨羽彈劾！
這次，真把袁崇煥給氣壞了，他直接提出辭呈，不干了。
魏忠賢把人軍功都奪完了，自己的親族也全部封侯進爵了，這袁崇煥好像也沒什么用處了，所以，他毫不猶豫的批了，直接讓袁崇煥滾蛋！
就這樣，接連取得兩次大捷的袁崇煥什么好處沒撈到，還被人彈劾的怨氣沖天，憤而辭職，回家種地去了！